prikaz prve stranice dokumenta Usporedba metoda genotipizacije glavnog sustava tkivne podudarnosti u genomu s dupliciranim lokusom
  Preuzmi
PDF 2.12 MB
diplomski rad
Usporedba metoda genotipizacije glavnog sustava tkivne podudarnosti u genomu s dupliciranim lokusom
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2021. urn:nbn:hr:217:827073
Martinčić, Jelena
Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Biološki odsjek

Institucijski repozitorij: Repozitorij Prirodoslovno-matematičkog fakulteta

Citirajte ovaj rad

Martinčić, J. (2021). Usporedba metoda genotipizacije glavnog sustava tkivne podudarnosti u genomu s dupliciranim lokusom (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:827073

Martinčić, Jelena. "Usporedba metoda genotipizacije glavnog sustava tkivne podudarnosti u genomu s dupliciranim lokusom." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2021. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:827073

Martinčić, Jelena. "Usporedba metoda genotipizacije glavnog sustava tkivne podudarnosti u genomu s dupliciranim lokusom." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2021. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:827073

Martinčić, J. (2021). 'Usporedba metoda genotipizacije glavnog sustava tkivne podudarnosti u genomu s dupliciranim lokusom', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, citirano: 25.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:827073

Martinčić J. Usporedba metoda genotipizacije glavnog sustava tkivne podudarnosti u genomu s dupliciranim lokusom [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet; 2021 [pristupljeno 25.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:827073

J. Martinčić, "Usporedba metoda genotipizacije glavnog sustava tkivne podudarnosti u genomu s dupliciranim lokusom", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb, 2021. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:827073

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:827073
Podaci o radu
NaslovUsporedba metoda genotipizacije glavnog sustava tkivne podudarnosti u genomu s dupliciranim lokusom
Naslov (engleski)Comparison of MHC genotyping methods in the genome with duplicated locus
AutorJelena Martinčić
MentorAna Galov (mentor)
Član povjerenstvaAna Galov (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaAntun Alegro (član povjerenstva)
Član povjerenstvaJasna Lajtner (član povjerenstva)
Član povjerenstvaSofia Ana Blažević (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
(Biološki odsjek)
Zagreb
Datum i država obrane2021-11-26, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		PRIRODNE ZNANOSTI
Biologija
Sažetak
Geni glavnog sustava tkivne podudarnosti (eng. major histocompatibility complex, MHC) kodiraju MHC molekule sustava I i II čija je funkcija predočavanje antigena pri pokretanju adaptivnog imunosnog odgovora. Tijekom evolucije kod MHC gena događa se duplikacija lokusa koja povećava varijabilnost, a time i sposobnost obrane organizma. Duplikaciju lokusa karakterizira pojava više od dva alela po jedinci, koji se tijekom genotipizacije koamplificiraju s određenim parom početnica. Determinacija alela se, stoga, uz metodu Sangerovog sekvenciranja upotpunjuje metodom molekularnog kloniranja ili se genotipizacija temelji na metodama sekvenciranja nove generacije (eng. next generation sequencing, NGS). U ovom diplomskom radu usporedila sam tri metode genotipizacije MHC sustava na primjeru nemodelnog kralježnjaka obični jelen Cervus elaphus (Linnaeus, 1758). Genotipizirala sam egzon 2 DRB lokusa MHC sustava II u 10 uzoraka vrste obični jelen te dobivene razultate analizirala u računalnim programima Bioedit, Seqscape te računalnom paketu AmpliSAT. Kao najoptimalnija pokazala se metoda sekvenciranja zasnovana na sintezi (Illumina) kojom je identificirano najviše alela, njih 19. Sa sve tri metode identificiran je ukupno 21 alel, od čega 9 nije do sada bilo otkriveno.
Sažetak (engleski)
The genes of the major histocompatibility complex (MHC) encode MHC class I and II receptors whose function is to present the antigen when triggering an adaptive immune response. During the evolution of the MHC genes, duplication of loci takes place, which increases the variability and thus the ability of the organism to defend itself. Duplication of loci is characterized by the appearance of more than two alleles per individual, which during genotyping co-amplify with a particular pair of primers. Along with the method of Sanger sequencing supplemented by the molecular cloning method, genotyping is based on next generation sequencing (NGS) methods. In this thesis, I compared three methods of genotyping the MHC system on the example of the nonmodel vertebrate red deer, Cervus elaphus (Linnaeus, 1758). I genotyped exon 2 of the DRB locus of the MHC system II in 10 samples of the red deer species and analyzed the obtained results in the computer programs Bioedit, Seqscape and the computer package AmpliSAT. The sequencing by synthesis (Illumina) NGS method, which identified the most alleles (19) proved to be the most optimal. A total of 21 alleles were identified with all three methods, of which 9 have not been detected so far.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:217:827073
Studijski programNaziv: Eksperimentalna biologija
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra eksperimentalne biologije (mag. biol. exp.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Datum isteka embarga: 2022-11-26
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2021-12-02 11:59:28