prikaz prve stranice dokumenta Proširenje funkcionalnosti sustava MADNet s analizom i vizualizacijom vremenski ovisnih pokusa
Pristup korisnicima matične ustanove
diplomski rad
Proširenje funkcionalnosti sustava MADNet s analizom i vizualizacijom vremenski ovisnih pokusa
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2012. urn:nbn:hr:217:065183
Milas, Ivan
Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Biološki odsjek

Institucijski repozitorij: Repozitorij Prirodoslovno-matematičkog fakulteta

Citirajte ovaj rad

Milas, I. (2012). Proširenje funkcionalnosti sustava MADNet s analizom i vizualizacijom vremenski ovisnih pokusa (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:065183

Milas, Ivan. "Proširenje funkcionalnosti sustava MADNet s analizom i vizualizacijom vremenski ovisnih pokusa." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2012. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:065183

Milas, Ivan. "Proširenje funkcionalnosti sustava MADNet s analizom i vizualizacijom vremenski ovisnih pokusa." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2012. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:065183

Milas, I. (2012). 'Proširenje funkcionalnosti sustava MADNet s analizom i vizualizacijom vremenski ovisnih pokusa', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, citirano: 22.12.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:065183

Milas I. Proširenje funkcionalnosti sustava MADNet s analizom i vizualizacijom vremenski ovisnih pokusa [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet; 2012 [pristupljeno 22.12.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:065183

I. Milas, "Proširenje funkcionalnosti sustava MADNet s analizom i vizualizacijom vremenski ovisnih pokusa", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb, 2012. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:065183

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:065183
Podaci o radu
NaslovProširenje funkcionalnosti sustava MADNet s analizom i vizualizacijom vremenski ovisnih pokusa
Naslov (engleski)Expanding the MADNet framework with time-series analysis and visualization
AutorIvan Milas
MentorKristian Vlahoviček (mentor)
Član povjerenstvaKristian Vlahoviček (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaMirjana Kalafatić (član povjerenstva)
Član povjerenstvaŽeljka Vidaković-Cifrek (član povjerenstva)
Član povjerenstvaDamjan Franjević (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
(Biološki odsjek)
Zagreb
Datum i država obrane2012-07-10, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		PRIRODNE ZNANOSTI
Biologija
Sažetak
U fokusu istraživanja bioinformatike je analiza i prezentacija podataka dobivenih visoko-protočnim metodama kao što su biočipovi. Razlozi su višestruki. Visoko-protočnim metodama dobijemo mnoštvo podataka o prisutnosti, razini ekspresije i međudjelovanju elementa jednog sustava u cjelini (npr. stanice). Analiza pojedinih elemenata tog sustava je vrlo kompleksna te vrlo često nemoguća. Za analizu ovako dobivenih podataka i pridjeljivanje biološkog značenja tim podacima potrebno je znanje bioinformatike i statistike. Postojanje mnogih baza podataka koje pohranjuju različite podatke za pojedinačne gene dodatno otežava analizu. Zbog toga je bioinformatička grupa PMF-a razvila alat MADNet koji od korisnika ne zahtjeva znanje bioinformatike i statistike te mu prezentira rezultate na vizualno jednostavan način. MADNet integrira informacije pohranjene u različitim bazama podataka: NCBI, KEGG, TRANSFAC, DrugBank i EBI IntAct. Ovim istraživanjem, funkcionalnost MADNet-a je dodatno proširena analizom vremenski ovisnih pokusa, što može biti primijenjeno i na način da se odjednom učitaju podaci više tretiranih uzoraka. Na ovaj način korisnik može za svaki vremenski trenutak ili usporedni eksperiment, za svaki pojedini gen od interesa, usporediti njegovu ekspresiju na metaboličkim putovima ili grafovima interakcije, ali i promjenu ekspresije drugih gena povezanih s genom od interesa na istom metaboličkom putu.
Sažetak (engleski)
The analysis and presentation of data obtained through high-throughput methods such as microarrays are the focus of bioinformatics. The reasons are multiple. The high-throughput methods produce a lot of information about the presence, level of expression and interaction of elements of biological system as a whole (e.g. cells). Analysis of individual elements of this system is very complex and often impossible. To analyse this data and assign biological meaning to these data one has to possess knowledge of bioinformatics and statistics. The existence of many databases that store different data for individual genes further complicates the analysis. Therefore, our bioinformatics group has developed MADNet, a tool which presents experimental results in a visually simple manner and does not require in-depth knowledge of bioinformatics and statistics. MADNet integrates information from various databases: NCBI, KEGG, TRANSFAC, DrugBank and EBI IntAct. This work additionally expanded MADNet's functionality with time-series analysis. Now, for each gene of interest, one can make track and compare changes in expression across same pathway over course of time, as well as changes that occur in expression of other genes connected to the gene of interest.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:217:065183
Studijski programNaziv: Molekularna biologija
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra molekularne biologije (mag. biol. mol.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaPristup korisnicima matične ustanove
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2017-05-02 09:50:52