prikaz prve stranice dokumenta Određivanje ishodišne stanice tumora na temelju raspodjele različitih tipova mutacija
  Preuzmi
PDF 7.86 MB
diplomski rad
Određivanje ishodišne stanice tumora na temelju raspodjele različitih tipova mutacija
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2022. urn:nbn:hr:217:265845
Bakšić, Ivan
Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Biološki odsjek

Institucijski repozitorij: Repozitorij Prirodoslovno-matematičkog fakulteta

Citirajte ovaj rad

Bakšić, I. (2022). Određivanje ishodišne stanice tumora na temelju raspodjele različitih tipova mutacija (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:265845

Bakšić, Ivan. "Određivanje ishodišne stanice tumora na temelju raspodjele različitih tipova mutacija." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2022. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:265845

Bakšić, Ivan. "Određivanje ishodišne stanice tumora na temelju raspodjele različitih tipova mutacija." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2022. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:265845

Bakšić, I. (2022). 'Određivanje ishodišne stanice tumora na temelju raspodjele različitih tipova mutacija', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, citirano: 22.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:265845

Bakšić I. Određivanje ishodišne stanice tumora na temelju raspodjele različitih tipova mutacija [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet; 2022 [pristupljeno 22.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:265845

I. Bakšić, "Određivanje ishodišne stanice tumora na temelju raspodjele različitih tipova mutacija", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb, 2022. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:265845

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:265845
Podaci o radu
NaslovOdređivanje ishodišne stanice tumora na temelju raspodjele različitih tipova mutacija
Naslov (engleski)Cell-of-origin determination based on the distribution of different mutation types in cancer
AutorIvan Bakšić
MentorRosa Karlić (mentor)
Član povjerenstvaKristian Vlahoviček (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaInga Urlić (član povjerenstva)
Član povjerenstvaDunja Leljak-Levanić (član povjerenstva)
Član povjerenstvaNenad Malenica (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
(Biološki odsjek)
Zagreb
Datum i država obrane2022-04-21, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		PRIRODNE ZNANOSTI
Biologija
Sažetak
Usporedbom tumorskih obrazaca mutacija s kromatinskim obilježjima stanica pojedinih tipova tkiva moguće je tumor povezati s izvornim tipom zdrave stanice iz koje je tumor nastao. U ovome radu proveo sam istraživanje na 722 uzorka melanoma i tumora jetre te na integracijskim mjestima hepatitis B virusa. Cilj je bio pomoću Random Forest regresijske analize odrediti ishodišnu stanicu tumora na temelju korelacije između kromatinskih obilježja zdravih tkiva i varijanti jednog nukleotida, insercija i delecija te virsunih integracijskih mjesta. Nadalje, u radu su provedena metodološka istraživanja kojima se htjelo postići poboljšanje u određivanju ihodišnih stanica i istražiti kako broj mutacija utječe na kvalitetu predviđanja. Dokazano je kako je frekvencija varijanti jednog nukleotida povećana u regijama otvorenog kromatina kod tumorskih stanica melanoma te da je moguće postići značajno povećanje snage predviđanja isključenjem stršećih vrijednosti. Također je utvrđeno da s podacima varijanti jednog nukleotida tumora jetre, insercija i delecija te virusnih integracijskih mjesta korištenim u ovome radu nije moguće pouzdano i točno odrediti ishodišnu stanicu te da značajno smanjenje broja mutacija neće nužno dovesti do smanjenja kvalitete predviđanja ishodišnje stanice.
Sažetak (engleski)
It is possible to corelate tumor with the healthy tissue it originated by using comparison of mutational landscape with chromatin marks of the normal cells. In this work I carried out research on 722 melanoma and liver carcinoma samples and on hepatitis B virus integration sites. The goal of this research was to determine COO correlations between chromatin marks and single nucleotide variance, insertions and deletions and hepatitis B integration sites using the Random Forest regression analysis. Moreover, this work provides methodological research with the goal of improving cell-of-origin determination and observing the effect of different mutation number on the quality of the prediction. It was proven that the melanoma single nucleotide variance frequency is higher in open chromatin regions and that it was possible to considerably increase prediction power by outlier exclusion. It was also determined that liver carcinoma single nucleotide variance data, insertion and deletion data and virus integration site data used in this work do not provide accurate nor reliable cell-of-origin prediction. Finally, it was determined how usage of considerably lower number of mutations does not necessarily lower the prediction power of the cell-of origin.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:217:265845
Studijski programNaziv: Molekularna biologija
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra molekularne biologije (mag. biol. mol.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2022-05-03 07:59:40