prikaz prve stranice dokumenta Traženje proteinskih motiva i klasifikacija
  Preuzmi
PDF 713.03 KB
diplomski rad
Traženje proteinskih motiva i klasifikacija
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2022. urn:nbn:hr:217:242086
Iveković, Marko
Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Matematički odsjek

Institucijski repozitorij: Repozitorij Prirodoslovno-matematičkog fakulteta

Citirajte ovaj rad

Iveković, M. (2022). Traženje proteinskih motiva i klasifikacija (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:242086

Iveković, Marko. "Traženje proteinskih motiva i klasifikacija." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2022. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:242086

Iveković, Marko. "Traženje proteinskih motiva i klasifikacija." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2022. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:242086

Iveković, M. (2022). 'Traženje proteinskih motiva i klasifikacija', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, citirano: 23.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:242086

Iveković M. Traženje proteinskih motiva i klasifikacija [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet; 2022 [pristupljeno 23.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:242086

M. Iveković, "Traženje proteinskih motiva i klasifikacija", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb, 2022. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:242086

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:242086
Podaci o radu
NaslovTraženje proteinskih motiva i klasifikacija
Naslov (engleski)Search for protein motives and classification
AutorMarko Iveković
MentorPavle Goldstein (mentor)
Član povjerenstvaPavle Goldstein (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaVanja Wagner (član povjerenstva)
Član povjerenstvaMiljenko Marušić (član povjerenstva)
Član povjerenstvaMarko Vrdoljak (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
(Matematički odsjek)
Zagreb
Datum i država obrane2022-05-05, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		PRIRODNE ZNANOSTI
Matematika
Sažetak
U ovom diplomskom radu promatra se problem klasifikacije niza proteina određenog proteoma u neku proteinsku familiju. U svakom proteinu tražimo karakterističan podniz aminokiselina promatrane proteinske familije (motiv) te se tako problem svodi na klasifikaciju nizova aminokiselina na to jesu li oni motivi ili nisu. Koristeći postojeći iterativni algoritam dobiva se rezultat koji je skup potencijalnih motiva u kojem se nalazi popriličan broj lažno pozitivnih elemenata te je cilj eliminirati lažno pozitivne, a da se pritom sačuvaju oni koji su stvarno pozitivni, odnosno motivi. Rješavanju tog problema pristupa se tako da se promatra opis aminokiselina numeričkim faktorima te se dane nizove aminokiselina smješta u vektorski prostor, gdje se medu njima pokušava uočiti neka geometrijska struktura. Prethodno je razvijen algoritam koji u tom prostoru pronalazi središte kugle koja klasificira promatrane nizove aminokiselina, dok je pitanje radijusa ostalo otvoreno. U ovom radu se uz prethodno spomenuto smještanje nizova aminokiselina u vektorski prostor pronalazi procjena radijusa spomenute kugle. Izračunata procjena radijusa i središta kugle testira se na primjerima proteoma rajčice, krumpira i talijinog uročnjaka uz F1-score kao mjeru uspješnosti algoritma. Rezultati pokazuju da algoritam kojim se pronalazi središte i radijus odreduje kuglu koja je bila i cilj rada, a to je rješenje problema eliminiranja lažno pozitivnih nizova, a da se pritom sačuvaju oni koji su stvarno pozitivni. Uz to je taj algoritam brz te robustan na promjene veličine uzorka.
Sažetak (engleski)
This thesis covers the classification problem of protein sequences of specified proteome into some protein family. In every protein we are searching for a characteristic subsequence of aminoacids (a motif) so the problem is reduced to classification of aminoacids. Using the existing iterative algorithm we get a set of potential motifs in which there is a certain number of false positive elements. Our goal is to eliminate the false positives while the true positive elements (motifs) remain. We approach the problem by examining a description of aminoacids in terms of numerical factors and by embedding the aminoacid sequences into a vector space and studying geometry of this embedding. An existing algorithm finds a center of a sphere which classifies the sequences, while the question of the radius remained open. In this thesis we estimate the radius of this sphere. The classification procedure is tested on three plant proteomes, using F1-score as a measure of accuracy. The results show that the algorithm gives a good solution to the problem. Furthermore, it is fast and robust with respect to the changes in data size.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:217:242086
Studijski programNaziv: Matematička statistika
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra matematike (mag. math.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2022-06-07 10:28:45