prikaz prve stranice dokumenta Utjecaj brzine rasta na efikasnost adaptacije sustavom CRISPR-Cas u bakterija Escherichia coli različitih genetičkih pozadina
  Preuzmi
PDF 2.76 MB
diplomski rad
Utjecaj brzine rasta na efikasnost adaptacije sustavom CRISPR-Cas u bakterija Escherichia coli različitih genetičkih pozadina
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2022. urn:nbn:hr:217:188517
Knechtl, Patricija
Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Biološki odsjek

Institucijski repozitorij: Repozitorij Prirodoslovno-matematičkog fakulteta

Citirajte ovaj rad

Knechtl, P. (2022). Utjecaj brzine rasta na efikasnost adaptacije sustavom CRISPR-Cas u bakterija Escherichia coli različitih genetičkih pozadina (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:188517

Knechtl, Patricija. "Utjecaj brzine rasta na efikasnost adaptacije sustavom CRISPR-Cas u bakterija Escherichia coli različitih genetičkih pozadina." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2022. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:188517

Knechtl, Patricija. "Utjecaj brzine rasta na efikasnost adaptacije sustavom CRISPR-Cas u bakterija Escherichia coli različitih genetičkih pozadina." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2022. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:188517

Knechtl, P. (2022). 'Utjecaj brzine rasta na efikasnost adaptacije sustavom CRISPR-Cas u bakterija Escherichia coli različitih genetičkih pozadina', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, citirano: 24.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:188517

Knechtl P. Utjecaj brzine rasta na efikasnost adaptacije sustavom CRISPR-Cas u bakterija Escherichia coli različitih genetičkih pozadina [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet; 2022 [pristupljeno 24.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:188517

P. Knechtl, "Utjecaj brzine rasta na efikasnost adaptacije sustavom CRISPR-Cas u bakterija Escherichia coli različitih genetičkih pozadina", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb, 2022. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:188517

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:188517
Podaci o radu
NaslovUtjecaj brzine rasta na efikasnost adaptacije sustavom CRISPR-Cas u bakterija Escherichia coli različitih genetičkih pozadina
Naslov (engleski)The influence of growth rate on the efficiency of the CRISPR-Cas mediated adaptation in Escherichia coli of different genetic backgrounds
AutorPatricija Knechtl
MentorIvana Ivančić Baće (mentor)
MentorDamjan Mitić (komentor)
Član povjerenstvaIvana Ivančić Baće (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaMirela Sertić Perić (član povjerenstva)
Član povjerenstvaDraginja Mrvoš-Sermek (član povjerenstva)
Član povjerenstvaŽeljka Soldin (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
(Biološki odsjek)
Zagreb
Datum i država obrane2022-10-25, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		PRIRODNE ZNANOSTI
Biologija
Sažetak
Sustav CRISPR-Cas sastoji se od lokusa CRISPR koji zajedno s pridruženim genima cas omogućuje adaptivnu imunost mnogim bakterijama i većini arheja protiv stranih genetičkih elemenata. Lokus CRISPR sastoji se od brojnih ponavljajućih sekvenci DNA koje su razdvojene kratkim razmaknicama strane DNA. Naivna adaptacija prva je faza zaštite u kojoj se kratki fragmenti iz stranih organizama ugrađuju u lokus CRISPR kako bi se zaštitila stanica od budućih napada istom stranom DNA. U ovom radu istražen je utjecaj ekspresije gena cas1 i cas2 na brzinu rasta stanica, određena je faza rasta u kojoj dolazi do ugradnje nove razmaknice te je istražena efikasnost adaptacije u tri različita bakterijska soja E. coli koji imaju tri različite genetičke pozadine (BW25113, AB1157 i MG1655). Također, istraženo je kako količine proteina Cas1 i Cas2 utječu na efikasnost naivne adaptacije (ugradnju razmaknice). Na temelju analize dobivenih rezultata može se zaključiti kako se usporeni rast bakterijskih stanica javlja zbog ugradnje razmaknice u lokus CRISPR, u ranoj log fazi rasta, samo u genetičkoj pozadini BW25113. U bakterijskim sojevima koji su rasli sporo došlo je do ekspresije proteina Cas1 i Cas2, dok geni rpoS i crl nemaju ulogu u izgradnji adaptivne imunosti procesom naivne adaptacije.
Sažetak (engleski)
The CRISPR-Cas system consists of the CRISPR locus, which, together with the CRISPRassociated (cas) genes, provides adaptive immunity to many bacteria and most archaea against foreign genetic elements. The CRISPR locus consists of numerous repetitive DNA sequences separated by short spacers that are derived from foreign DNA. Naïve adaptation is the first phase of protection in which short fragments from foreign organisms are incorporated into the CRISPR locus to protect the cell from future attacks by the same foreign DNA. In this research, we investigated the influence of cas1 and cas2 gene expression on cell growth rate, we determined in which growth phase a new spacer is incorporated and we investigated the efficiency of adaptation in three different bacterial strains of E. coli with three different genetic backgrounds (BW25113, AB1157 and MG1655). Also, we investigated how the amounts of Cas1 and Cas2 proteins affect the efficiency of adaptation (spacer acquisition). Based on the analysis of the obtained results, it can be concluded that the slowed growth of bacterial cells occurs due to the insertion of a spacer into the CRISPR locus in the early log phase of growth only in the BW25113 genetic background. In bacterial strains that grew slowly, Cas1 and Cas2 proteins were expressed. Genes rpoS and crl have no role in building CRISPR immunity through the process of naïve adaptation.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:217:188517
Studijski programNaziv: Biologija i kemija; smjerovi: nastavnički
Smjer: nastavnički
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: integrirani preddiplomski i diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra edukacije biologije i kemije (mag. educ. biol. et chem.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Datum isteka embarga: 2023-08-25
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2022-11-03 13:08:47