prikaz prve stranice dokumenta Identifikacija čekićastog viroida jabuke u retrospektivnoj studiji ekstrakata ukupnih nukleinskih kiselina iz jabuka
  Preuzmi
PDF 1.22 MB
završni rad
Identifikacija čekićastog viroida jabuke u retrospektivnoj studiji ekstrakata ukupnih nukleinskih kiselina iz jabuka
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2023. urn:nbn:hr:217:186179
Matijević, Jana
Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Biološki odsjek

Institucijski repozitorij: Repozitorij Prirodoslovno-matematičkog fakulteta

Citirajte ovaj rad

Matijević, J. (2023). Identifikacija čekićastog viroida jabuke u retrospektivnoj studiji ekstrakata ukupnih nukleinskih kiselina iz jabuka (Završni rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:186179

Matijević, Jana. "Identifikacija čekićastog viroida jabuke u retrospektivnoj studiji ekstrakata ukupnih nukleinskih kiselina iz jabuka." Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2023. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:186179

Matijević, Jana. "Identifikacija čekićastog viroida jabuke u retrospektivnoj studiji ekstrakata ukupnih nukleinskih kiselina iz jabuka." Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2023. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:186179

Matijević, J. (2023). 'Identifikacija čekićastog viroida jabuke u retrospektivnoj studiji ekstrakata ukupnih nukleinskih kiselina iz jabuka', Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, citirano: 04.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:186179

Matijević J. Identifikacija čekićastog viroida jabuke u retrospektivnoj studiji ekstrakata ukupnih nukleinskih kiselina iz jabuka [Završni rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet; 2023 [pristupljeno 04.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:186179

J. Matijević, "Identifikacija čekićastog viroida jabuke u retrospektivnoj studiji ekstrakata ukupnih nukleinskih kiselina iz jabuka", Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb, 2023. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:186179

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:186179
Podaci o radu
NaslovIdentifikacija čekićastog viroida jabuke u retrospektivnoj studiji ekstrakata ukupnih nukleinskih kiselina iz jabuka
Naslov (engleski)Apple hammerhead viroid identification in retrospective analysis of total nucleic acids extracts from apples
AutorJana Matijević
MentorDijana Škorić (mentor)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
(Biološki odsjek)
Zagreb
Datum i država obrane2023-07-17, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		PRIRODNE ZNANOSTI
Biologija
Sažetak
Čekićasti viroid jabuke (eng. apple hammerhead viroid, AHVd) pripada porodici Avsunviroidae i rodu Pelamoviroid. Primarno inficira jabuke (Malus domestica Borkh.), no njegova prisutnost je potvrđena i u nešpuli (Eriobotrya japonica (Thunb.) Lindl.). Cilj rada bio je potvrditi prisutnost AHVd-a u prethodno istraživanim izolatima kultivara jabuka na području Hrvatske. Analizirano je 15 prethodno istraživanih izolata jabuka i tri izolata pripremljena za potrebe ovog rada. Iz ekstrakata ukupnih nukleinskih kiselina jabuka metodom reverzne transkripcije i lančane reakcije polimeraze (RT-PCR) uz primjenu početnica specifičnih za AHVd u elektroforetskom agaroznom gelu detektirana je prisutnost viroidnih amplikona u čak sedam uzoraka. Iz šest uzorka dobivene su konsenzus-sekvence parcijalnog AHVd-genoma. Viroid je pronađen u raznim sortama jabuka na različitim lokacijama, a njegova prisutnost u izolatima jabuka potvrđena je Sangerovim sekvenciranjem i filogenetskom analizom, te usporedbom sekundarnih struktura viroidnih genoma. Većina hrvatskih AHVd-varijanti se na filogenetskom stablu grupirala zajedno zbog blizine lokacija jabuka iz kojih su prikupljani uzorci, dok su se dva uzorka izdvojila i grupirala sa sekvencama iz drugih država. Zbog blizine uzgojne lokacije jabuke Mađarskoj jedan je uzorak AHVd u skupini s uzorcima iz Mađarske i Češke, dok je drugi uzorak grupiran s kanadskim uzorcima vjerojatno zbog uvoznog porijekla te sorte jabuke.
Sažetak (engleski)
Apple hammerhead viroid (AHVd) belongs to the family Avsunviroidae and the genus Pelamoviroid. It primarily infects apples (Malus domestica Borkh.). This research was conducted in order to confirm the presence of AHVd in the previously investigated isolates of apple cultivars in Croatia. In the scope of this study, 15 previously researched apple isolates and three samples isolated for the purpose of this work were analyzed. The presence of viroid amplicons in electrophoresis gels was detected in seven total nucleic acids extracts from apple after reverse transcription and polymerase chain reaction (RT-PCR) with primers specific for AHVd. Six consensus sequences of the partial AHVd genome were obtained. The viroid was found in various apple varieties in different locations and its presence was confirmed by phylogenetic analysis of Sanger sequences and the comparison of secondary structures. Most of the Croatian samples were grouped together on the phylogenetic tree due to the proximity of the apple cultivation sites, while two samples grouped with sequences from other countries. One isolate of AHVd from apple growing near the Hungarian border grouped with samples from Hungary and the Czech Republic, whereas the other was grouped with Canadian samples probably due to the origin of the apple variety that was most likely imported.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:217:186179
Studijski programNaziv: Biologija
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: preddiplomski
Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a prvostupnik/prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) biologije (univ. bacc. biol.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Datum isteka embarga: 2024-07-17
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2023-07-24 09:16:45