prikaz prve stranice dokumenta Search for interaction partners of the IleRS C-terminal domain
  Preuzmi
PDF 779.78 KB
završni rad
Search for interaction partners of the IleRS C-terminal domain
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2023. urn:nbn:hr:217:915186
Škrobo, Petar
Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Biološki odsjek

Institucijski repozitorij: Repozitorij Prirodoslovno-matematičkog fakulteta

Citirajte ovaj rad

Škrobo, P. (2023). Search for interaction partners of the IleRS C-terminal domain (Završni rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:915186

Škrobo, Petar. "Search for interaction partners of the IleRS C-terminal domain." Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2023. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:915186

Škrobo, Petar. "Search for interaction partners of the IleRS C-terminal domain." Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2023. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:915186

Škrobo, P. (2023). 'Search for interaction partners of the IleRS C-terminal domain', Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, citirano: 21.05.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:915186

Škrobo P. Search for interaction partners of the IleRS C-terminal domain [Završni rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet; 2023 [pristupljeno 21.05.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:915186

P. Škrobo, "Search for interaction partners of the IleRS C-terminal domain", Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb, 2023. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:915186

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:915186
Podaci o radu
NaslovSearch for interaction partners of the IleRS C-terminal domain
Naslov (hrvatski)Potraga za interakcijskim partnerima Cterminalne domene IleRS
AutorPetar Škrobo
MentorMorana Dulić (mentor)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
(Biološki odsjek)
Zagreb
Datum i država obrane2023-07-20, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		PRIRODNE ZNANOSTI
Biologija
Sažetak
Isoleucyl-tRNA synthetase (IleRS) is an enzyme that binds isoleucine and its cognate tRNA molecule. The bacterium Priestia megaterium has two IleRS isoenzymes, PmIleRS1 and PmIleRS2. A prominent difference between these isoenzymes is a zinc finger domain at the Cterminus of PmIleRS1 that is not present in PmIleRS2. To determine if this domain has any protein interaction partners, PmIleRS1 was overexpressed in Escherichia coli, isolated, purified by Ni-NTA agarose affinity chromatography and concentrated with ultracentrifugation. The same was done with the PmIleRS1ΔZnF protein in which the zinc finger domain is missing. Then both proteins were used as bait in Ni-NTA pull down assays. As a negative control pull-down assays were done with leucyl-tRNA synthetase as well as without bait protein. The collected fractions were analysed by SDS-PAGE and the gels were stained with Coomassie Brilliant Blue R-250. To enhance sensitivity and potentially detect low amount of protein, the electrophoresis was repeated, only this time the gel was stained with silver. The results suggest that there is no specific interaction partner of the zinc finger domain of IleRS1 from P. megaterium.
Sažetak (hrvatski)
Izoleucil-tRNA sintetaza (IleRS) enzim je koji veže izoleucin i pripadnu tRNA molekulu. Bakterija Priestia megaterium ima dva IleRS izoenzima, PmIleRS1 i PmIleRS2. Značajna razlika između ovih izoenzima jest domena cinkovog prsta na C-terminalnom dijelu PmIleRS1 koja nije prisutna u PmIleRS2. Kako bi se odredilo ima li ta domena neke proteinske interakcijske partnere, PmIleRS1 prekomjerno je eksprimiran u bakteriji Escherichia coli, izoliran, pročišćen Ni-NTA agaroznom afinitetnom kromatografijom i ukoncentriran ultracentrifugiranjem. Isto je učinjeno s proteinom PmIleRS1ΔZnF kojem nedostaje domena cinkovog prsta. Oba su proteina korištena kao mamac u Ni-NTA metodi pull-down. Kao negativna kontrola napravljen je pull-down s leucil-tRNA sintetazom kao mamcem i još jedan bez proteina mamca. Skupljene frakcije analizirane su metodom SDS-PAGE i gelovi su obojani s Coomassie Brilliant Blue R-250. Kako bi se povećala osjetljivost i potencijalno uočili proteini u niskim koncentracijama elektroforeza je ponovljena, a gel je obojan srebrom. Rezultati ukazuju na to da ne postoji specifični interakcijski partner domene cinkovog prsta u proteinu IleRS1 iz bakterije P. megaterium.
Ključne riječi
Ključne riječi (hrvatski)
Jezikengleski
URN:NBNurn:nbn:hr:217:915186
Studijski programNaziv: Molekularna biologija
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: preddiplomski
Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a prvostupnik/prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) molekularne biologije (univ. bacc. biol. mol.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2023-09-12 11:21:51