prikaz prve stranice dokumenta Računalno istraživanje kompleksa DNA i MntR proteina iz bakterije Bacillus subtilis
  Preuzmi
PDF 3.08 MB
diplomski rad
Računalno istraživanje kompleksa DNA i MntR proteina iz bakterije Bacillus subtilis
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2023. urn:nbn:hr:217:725506
Batković, Michaela
Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Kemijski odsjek

Institucijski repozitorij: Repozitorij Prirodoslovno-matematičkog fakulteta

Citirajte ovaj rad

Batković, M. (2023). Računalno istraživanje kompleksa DNA i MntR proteina iz bakterije Bacillus subtilis (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:725506

Batković, Michaela. "Računalno istraživanje kompleksa DNA i MntR proteina iz bakterije Bacillus subtilis." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2023. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:725506

Batković, Michaela. "Računalno istraživanje kompleksa DNA i MntR proteina iz bakterije Bacillus subtilis." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2023. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:725506

Batković, M. (2023). 'Računalno istraživanje kompleksa DNA i MntR proteina iz bakterije Bacillus subtilis', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, citirano: 28.04.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:725506

Batković M. Računalno istraživanje kompleksa DNA i MntR proteina iz bakterije Bacillus subtilis [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet; 2023 [pristupljeno 28.04.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:725506

M. Batković, "Računalno istraživanje kompleksa DNA i MntR proteina iz bakterije Bacillus subtilis", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb, 2023. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:725506

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:725506
Podaci o radu
NaslovRačunalno istraživanje kompleksa DNA i MntR proteina iz bakterije Bacillus subtilis
Naslov (engleski)Computational study DNA in complex with the MntR protein from the bacterium Bacillus subtilis
AutorMichaela Batković
MentorBranimir Bertoša (mentor)
Član povjerenstvaBranimir Bertoša (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaIvan Kodrin (član povjerenstva)
Član povjerenstvaMarko Močibob (član povjerenstva)
Član povjerenstvaDavor Kovačević (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
(Kemijski odsjek)
Zagreb
Datum i država obrane2023-09-27, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		PRIRODNE ZNANOSTI
Kemija
Sažetak
Transkripcijski faktor MntR (engl. Manganese Transport Regulator) homodimerni je protein odgovoran za regulaciju homeostaze manganovih iona u bakteriji Bacillus subtilis. Kada je u svojoj holo-formi, to jest kada su unutarstanične koncentracije manganovih iona previsoke, transkripcijski faktor MntR se veže na ciljnu DNA i ponaša kao represor. Postoji nekoliko mehanizama kojima se proteini vežu na DNA, međutim, mehanizam vezanja proteina MntR na svoju ciljnu DNA nije razjašnjen. U ovom diplomskom radu provedeno je računalno istraživanje koje za cilj ima doprinjeti razumijevanju interakcija između transkripcijskog faktora MntR i njegove ciljne DNA sekvence. Rezultati simulacija molekulske dinamike (MD) kompleksa DNA-MntR ukazuju da će doći do odvajanja sastavnica kompleksa ukoliko zavojnica α3 proteina, odgovorna za prepoznavanje palindromskog slijeda ciljne DNA, nije položena u blizini središta palindromskog slijeda TTT/AAA pri čemu će posljedično doći do značajnih fluktuacija molekule DNA. U suprotnom slučaju, dolazi do stvaranja specifičnih vodikovih veza između proteina i DNA, te su te vodikove veze zastupljene većinu trajanja simulacije, pri čemu dodatno dolazi i do otvaranja velikog utora.
Sažetak (engleski)
The transcription factor MntR ( Manganese Transport Regulator) is a homodimeric protein in Bacillus subtilis responsible for the regulation of manganese homeostasis. When in its holoform, that is when the intracellular concentrations of managanese ions are too high, the transcription factor MntR binds on its target DNA and acts as a repressor. There are few binding mechanisms by which proteins bind to DNA. However, the one by which our protein of interest binds to its target DNA is still unknown. In this Diploma Thesis a computational study was carried out with the aim to contribute to the understanding of the interactions between the transcription factor MntR and its target DNA sequence. Molecular dynamics (MD) simualtions revealed that the components of the DNA-MntR complex will seperate if the recognition helix α3 of the protein is not placed near the center of the palindrome TTT/AAA which will result in significant fluctuations of the DNA molecule. In the opposite case, during the whole simualtion specific hydogen bonds are formed accompanied with major groove opening.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:217:725506
ProjektŠifra: IP-2020-02-3446
Naziv: Manganovi metalosenzori
Naziv: Manganese Metallosensors
Kratica: MaMes
Voditelj: Branimir Bertoša
Pravna nadležnost: Hrvatska
Financijer: HRZZ
Linija financiranja: IP
Studijski programNaziv: Kemija; smjerovi: istraživački
Smjer: istraživački
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra kemije (mag. chem.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2023-10-13 09:56:09