prikaz prve stranice dokumenta EFFECTS OF SIMULTANEOUS MANIPULATION OF DNA AND HISTONES ON THE EXPRESSION OF GENES INVOLVED IN EPITHELIAL-MESENCHYMAL TRANSITION USING CRISPR/dCas9 SYSTEM
Rad dostupan nakon 2026-03-21
doktorski rad
EFFECTS OF SIMULTANEOUS MANIPULATION OF DNA AND HISTONES ON THE EXPRESSION OF GENES INVOLVED IN EPITHELIAL-MESENCHYMAL TRANSITION USING CRISPR/dCas9 SYSTEM
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2024. urn:nbn:hr:217:444849
Foglar, Nika
Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Biološki odsjek

Institucijski repozitorij: Repozitorij Prirodoslovno-matematičkog fakulteta

Citirajte ovaj rad

Foglar, N. (2024). EFFECTS OF SIMULTANEOUS MANIPULATION OF DNA AND HISTONES ON THE EXPRESSION OF GENES INVOLVED IN EPITHELIAL-MESENCHYMAL TRANSITION USING CRISPR/dCas9 SYSTEM (Doktorski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:444849

Foglar, Nika. "EFFECTS OF SIMULTANEOUS MANIPULATION OF DNA AND HISTONES ON THE EXPRESSION OF GENES INVOLVED IN EPITHELIAL-MESENCHYMAL TRANSITION USING CRISPR/dCas9 SYSTEM." Doktorski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2024. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:444849

Foglar, Nika. "EFFECTS OF SIMULTANEOUS MANIPULATION OF DNA AND HISTONES ON THE EXPRESSION OF GENES INVOLVED IN EPITHELIAL-MESENCHYMAL TRANSITION USING CRISPR/dCas9 SYSTEM." Doktorski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2024. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:444849

Foglar, N. (2024). 'EFFECTS OF SIMULTANEOUS MANIPULATION OF DNA AND HISTONES ON THE EXPRESSION OF GENES INVOLVED IN EPITHELIAL-MESENCHYMAL TRANSITION USING CRISPR/dCas9 SYSTEM', Doktorski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, citirano: 27.12.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:444849

Foglar N. EFFECTS OF SIMULTANEOUS MANIPULATION OF DNA AND HISTONES ON THE EXPRESSION OF GENES INVOLVED IN EPITHELIAL-MESENCHYMAL TRANSITION USING CRISPR/dCas9 SYSTEM [Doktorski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet; 2024 [pristupljeno 27.12.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:444849

N. Foglar, "EFFECTS OF SIMULTANEOUS MANIPULATION OF DNA AND HISTONES ON THE EXPRESSION OF GENES INVOLVED IN EPITHELIAL-MESENCHYMAL TRANSITION USING CRISPR/dCas9 SYSTEM", Doktorski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb, 2024. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:444849

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:444849
Podaci o radu
NaslovEFFECTS OF SIMULTANEOUS MANIPULATION OF DNA AND HISTONES ON THE EXPRESSION OF GENES INVOLVED IN EPITHELIAL-MESENCHYMAL TRANSITION USING CRISPR/dCas9 SYSTEM
Naslov (hrvatski)UTJECAJ ISTOVREMENE MANIPULACIJE DNA I HISTONA NA EKSPRESIJU GENA UKLJUČENIH U EPITELNO-MEZENHIMSKU TRANZICIJU PRIMJENOM SUSTAVA CRISPR/dCas9
AutorNika Foglar
MentorVlatka Zoldoš (mentor)
Član povjerenstvaNataša Bauer (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaRosa Karlić (član povjerenstva)
Član povjerenstvaOliver Vugrek (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
(Biološki odsjek)
Zagreb
Datum i država obrane2024-03-21, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		PRIRODNE ZNANOSTI
Biologija
Univerzalna decimalna klasifikacija
(UDC)		577 - Biokemija. Molekularna biologija. Biofizika
Sažetak
Interplay between epigenetic modifications is essential for regulation of gene expression. The adaptation of CRISPR/Cas9 technology for epigenetic research by introducing dead Cas9 (dCas9) fused to epigenetic effector domains (ED) has enabled significant advancements in this field. I expanded the CRISPR/dCas9 modular system with five histone modifying domains (G9a, G9a-me3, LSD1, KDM5A, macro1.1) and DNMT3L domain, as well as the multi-guide module to accommodate up to 11 gRNAs. From a set of candidate genes involved in epithelial to mesenchymal transition (EMT), ZEB1 and SNAI1 were selected for further epigenetic manipulations in HepG2 cell line. Their CpG islands were simultaneously targeted with dCas- DNMT3A combined with specific dCas9-ED fusions to understand the interplay of DNA methylation and histone modifications. The combinations had synergistic effect on gene expression and affected the EMT phenotype. Interplay between introduced modifications was also observed as a locus specific synergistic increase in DNA methylation, and was not disrupted by global histone acetylation increase after sodium butyrate treatment. The combinatorial epigenetic effects were not replicated in A549 cell line, suggesting specificity of epigenetic regulatory pathways.
Sažetak (hrvatski)
Međudjelovanje epigenetičkih modifikacija je neophodno regulaciju ekspresije gena. Korištenje CRISPR/Cas9 tehnologije u epigenetičkim istraživanjima pomoću inaktivnog Cas9 (dCas9) fuzioniranog s epigenetičkim efektorskim domenama (ED) omogućilo je značajan napredak u ovom području. Proširila sam modularni sustav CRISPR/dCas9 s pet domena za modifikaciju histona (G9a, G9a-me3, LSD1, KDM5A, makro1.1) i domenom DNMT3L, te „multi-guide“ modul koji može primiti do 11 gRNA. Od nekoliko kandidat gena koji sudjeluju u epitelno-mezenhimskoj tranziciji (EMT), odabrala sam ZEB1 i SNAI1 za daljnje epigenetičke manipulacije u staničnoj liniji HepG2. Njihovi CpG otoci su istovremeno ciljani s DNMT3AdCas9 u kombinaciji s određenom dCas9-ED fuzijom kako bi se istražilo među-djelovanje DNA metilacije i modifikacija histona. Kombinacije su imale sinergistički učinak na ekspresiju gena i utjecale su na EMT fenotip. Simultano uvedene modifikacije pokazale su sinergistički efekt na razini metilacije DNA na određenom lokusu, koji nije bio osjetljiv na povećanje globalne acetilacije histona. Kombinacije dCas9 fuzija nisu djelovale na ekspresiju ciljanih gena u A549 staničnoj liniji, što ukazuje na specifičnost epigenetičkih regulatornih putova.
Ključne riječi
Ključne riječi (hrvatski)
Jezikengleski
URN:NBNurn:nbn:hr:217:444849
Datum promocije2024
ProjektŠifra: KK.01.1.1.04.0085
Naziv: Genomsko inženjerstvo i genska regulacija u staničnim linijama i modelnim organizacijama tehnologija CRISPR / Cas9 CasMouse
Naziv: Genomic engineering and gene regulation in the cell lines model organisms CRISPR / Cas9 CasMouse technology
Kratica: CRISPR/Cas9-CasMouse
Voditelj: Vlatka Zoldoš
Pravna nadležnost: Hrvatska
Financijer: EK
Linija financiranja: EFRR
Studijski programNaziv: Biologija
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: doktorski studij
Akademski / stručni naziv: doktor/doktorica znanosti u području prirodnih znanosti (dr. sc. natur.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaRad dostupan nakon
Datum isteka embarga: 2026-03-21
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2024-04-02 10:13:19