prikaz prve stranice dokumenta Uloge nukleaza DnaQ, ExoT i helikaze UvrD u naivnoj adaptaciji sustava CRISPR-Cas u bakteriji Escherichia coli
  Preuzmi
PDF 2.25 MB
diplomski rad
Uloge nukleaza DnaQ, ExoT i helikaze UvrD u naivnoj adaptaciji sustava CRISPR-Cas u bakteriji Escherichia coli
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2023. urn:nbn:hr:217:944431
Mamić, Tomislav
Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Biološki odsjek

Institucijski repozitorij: Repozitorij Prirodoslovno-matematičkog fakulteta

Citirajte ovaj rad

Mamić, T. (2023). Uloge nukleaza DnaQ, ExoT i helikaze UvrD u naivnoj adaptaciji sustava CRISPR-Cas u bakteriji Escherichia coli (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:944431

Mamić, Tomislav. "Uloge nukleaza DnaQ, ExoT i helikaze UvrD u naivnoj adaptaciji sustava CRISPR-Cas u bakteriji Escherichia coli." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2023. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:944431

Mamić, Tomislav. "Uloge nukleaza DnaQ, ExoT i helikaze UvrD u naivnoj adaptaciji sustava CRISPR-Cas u bakteriji Escherichia coli." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2023. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:944431

Mamić, T. (2023). 'Uloge nukleaza DnaQ, ExoT i helikaze UvrD u naivnoj adaptaciji sustava CRISPR-Cas u bakteriji Escherichia coli', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, citirano: 22.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:944431

Mamić T. Uloge nukleaza DnaQ, ExoT i helikaze UvrD u naivnoj adaptaciji sustava CRISPR-Cas u bakteriji Escherichia coli [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet; 2023 [pristupljeno 22.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:944431

T. Mamić, "Uloge nukleaza DnaQ, ExoT i helikaze UvrD u naivnoj adaptaciji sustava CRISPR-Cas u bakteriji Escherichia coli", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb, 2023. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:944431

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:944431
Podaci o radu
NaslovUloge nukleaza DnaQ, ExoT i helikaze UvrD u naivnoj adaptaciji sustava CRISPR-Cas u bakteriji Escherichia coli
Naslov (engleski)The roles of DnaQ, ExoT nucleases and UvrD helicase in CRISPR-Cas system naive adaptation in Escherichia coli
AutorTomislav Mamić
MentorIvana Ivančić Baće (mentor)
Član povjerenstvaIvana Ivančić Baće (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaTomislav Ivanković (član povjerenstva)
Član povjerenstvaPetra Peharec Štefanić (član povjerenstva)
Član povjerenstvaDijana Škorić (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
(Biološki odsjek)
Zagreb
Datum i država obrane2023-09-18, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		PRIRODNE ZNANOSTI
Biologija
Sažetak
Sustav CRISPR-Cas prokariotski je sustav adaptivne imunosti. Sastoji se od gena cas, koji sudjeluju u svim fazama obrane, te lokusa CRISPR, u kojemu se nalaze ponavljajuće regije isprekidane razmaknicama podrijetlom iz strane DNA. Tijekom faze adaptacije razmaknica se ugrađuje u lokus CRISPR, a predmet ovog istraživanja jest naivna adaptacija koja se zbiva pri prvom susretu stanice sa stranom DNA. Glavnu ulogu u naivnoj adaptaciji imaju proteini Cas1 i Cas2 koji tvore integracijski kompleks, no da bi strana DNA postala supstratom kompleksa, podvrgava se helikaznoj i egzonukleaznoj aktivnosti enzima RecBCD. Odnedavno je poznato da egzonukleazna aktivnost enzima RecBCD nije nužna za odvijanje tog procesa. Ovdje, prvi put je istražena uloga egzonukleaza DnaQ i ExoT u naivnoj adaptaciji u uvjetima in vivo u bakteriji Escherichia coli. U tu svrhu, metodom recombineering konstruirani su mutanti ΔdnaQ i ΔexoT te transformirani plazmidom s genima cas1-cas2. Ugradnja razmaknice analizirana je metodom PCR. Dobiveni rezultati ukazuju da DnaQ djelomično sudjeluje u procesiranju te da ExoT vjerojatno ne sudjeluje i može biti zamijenjena drugim nukleazama. Jednako, prvi put u kontekstu adaptacije, istražena je uloga helikaze UvrD, na mutantu ΔuvrD, a rezultati upućuju da UvrD potiče naivnu adaptaciju, možebitno uklanjanjem proteina RecA s jednolančanih supstrata.
Sažetak (engleski)
CRISPR-Cas system is a prokaryotic adaptive immunity system that consists of cas genes, which participate in all phases of defense, and the CRISPR locus with series of repeats interspaced by spacers originating from foreign DNA. During the adaptation phase, a spacer is integrated into the CRISPR locus. The objective of this study is naive adaptation, occurring during the cell's initial contact with foreign DNA. The primary role in naive adaptation is mediated by the Cas1 and Cas2 proteins, which form an integration complex. However, in order for foreign DNA to become an integration complex's substrate, it is subjected to the helicase and exonuclease activities of the RecBCD enzyme. Recently, it has been discovered that the exonuclease activity of the RecBCD enzyme is not essential for this process. Here, for the first time, the role of DnaQ and ExoT exonucleases in naive adaptation was studied in vivo in E. coli. For that purpose, ΔdnaQ and ΔexoT mutants were constructed using recombineering and transformed with a plasmid carrying the cas1-cas2 genes. Spacer acquisition was analyzed using the PCR method. The obtained results indicate that DnaQ partially participates in processing, and that ExoT likely doesn't participate and can be replaced by other nucleases.. Similarly, for the first time in the context of adaptation, the role of the UvrD helicase was studied using ΔuvrD mutant. The results suggest that UvrD promotes naive adaptation, possibly by removing the RecA protein from single-stranded substrates.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:217:944431
Studijski programNaziv: Molekularna biologija
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a magistar/magistra molekularne biologije (univ. mag. biol. mol.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Datum isteka embarga: 2024-09-18
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2024-09-16 16:09:13