prikaz prve stranice dokumenta Računalna i eksperimentalna analiza interakcije između DNA i transkripcijskog faktora MntR-a iz Mycobacterium tuberculosis
  Preuzmi
PDF 3.88 MB
diplomski rad
Računalna i eksperimentalna analiza interakcije između DNA i transkripcijskog faktora MntR-a iz Mycobacterium tuberculosis
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2024. urn:nbn:hr:217:784793
Semenić, Lana
Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Kemijski odsjek
Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Biološki odsjek

Institucijski repozitorij: Repozitorij Prirodoslovno-matematičkog fakulteta

Citirajte ovaj rad

Semenić, L. (2024). Računalna i eksperimentalna analiza interakcije između DNA i transkripcijskog faktora MntR-a iz Mycobacterium tuberculosis (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet; Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:784793

Semenić, Lana. "Računalna i eksperimentalna analiza interakcije između DNA i transkripcijskog faktora MntR-a iz Mycobacterium tuberculosis." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet; Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2024. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:784793

Semenić, Lana. "Računalna i eksperimentalna analiza interakcije između DNA i transkripcijskog faktora MntR-a iz Mycobacterium tuberculosis." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet; Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2024. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:784793

Semenić, L. (2024). 'Računalna i eksperimentalna analiza interakcije između DNA i transkripcijskog faktora MntR-a iz Mycobacterium tuberculosis', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet; Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, citirano: 22.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:784793

Semenić L. Računalna i eksperimentalna analiza interakcije između DNA i transkripcijskog faktora MntR-a iz Mycobacterium tuberculosis [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet; Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet; 2024 [pristupljeno 22.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:784793

L. Semenić, "Računalna i eksperimentalna analiza interakcije između DNA i transkripcijskog faktora MntR-a iz Mycobacterium tuberculosis", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb; Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb, 2024. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:784793

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:784793
Podaci o radu
NaslovRačunalna i eksperimentalna analiza interakcije između DNA i transkripcijskog faktora MntR-a iz Mycobacterium tuberculosis
Naslov (engleski)Computational and experimental analysis of interaction between Mycobacterium tuberculosis transcription factor MntR and DNA
AutorLana Semenić
MentorBranimir Bertoša (mentor)
Član povjerenstvaBranimir Bertoša (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaIvana Ivančić Baće (član povjerenstva)
Član povjerenstvaMartina Šeruga Musić (član povjerenstva)
Član povjerenstvaGordan Horvat (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
(Kemijski odsjek)
Zagreb
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
(Biološki odsjek)
Zagreb
Datum i država obrane2024-09-16, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		PRIRODNE ZNANOSTI
Biologija
Sažetak
MntR (regulator prijenosa mangana, engl. manganese transport regulator) je homodimerni transkripcijski faktor koji kontrolira homeostazu manganovih(II) kationa u bakterijama, među kojima je i ljudski patogen Mycobacterium tuberculosis. Vezanjem manganovih(II) kationa MntR iz neaktivnog apo-oblika prelazi u aktivni holo-oblik, koji se može vezati za DNA. Strukture apo- i holo-oblika riješene su kristalografijom X-zraka, ali to nije slučaj za njegov kompleks s DNA. Cilj ovog diplomskog rada bio je istražiti vezanje proteina MntR za DNA koristeći multidisciplinarni pristup, koji kombinira molekulsku dinamiku, bioinformatiku i eksperimentalne metode. U promotoru gena mntH identificiran je novi MntR-vezujući slijed. Iskorišten je za stvaranje in silico kompleksa molekulskim uklapanjem (engl. docking), tako da se MntR svojim DNA-vezujućim zavojnicama vezao za palindromske sljedove. Provedeno je više simulacija molekulske dinamike kako bi se detektirale nekovalentne interakcije između proteina i DNA te analizirale razlike između apo- i holo-oblika. Oba protomera pokazala su mogućnost stvaranja relativno dugotrajnih vodikovih veza između ostatka Ser46 i dušičnih baza istraživane DNA. Međutim, te vodikove veze uglavnom se nisu pojavljivale istovremeno. Ovo istraživanje predstavlja jedan od početnih koraka prema razumijevanju interakcije između DNA i proteina MntR iz M. tuberculosis.
Sažetak (engleski)
MntR (manganese transport regulator) is a homodimeric transcription factor that controls the homeostasis of manganese(II) cations in bacteria, including the human pathogen Mycobacterium tuberculosis. By binding manganese(II) cations, MntR transitions from an inactive apo-form to an active holo-form, which can bind to DNA. While the crystal structures of its apo- and holo-form have been determined via X-ray crystallography, the structure of the MntR-DNA complex has yet to be explored. This thesis aims to investigate DNA-binding properties of MntR using a multidisciplinary approach that combines molecular dynamics, bioinformatics and experimental methods. A novel MntR-binding motif, identified in the mntH promoter region, was used to form an in silico complex with MntR through the use of protein-DNA docking, wherein the DNA-binding helices were bound to palindromic sequences. Multiple molecular dynamics simulations were carried out in order to analyze non-covalent protein-DNA interactions and to determine differences between the apo- and holo-forms. Both protomers demonstrated the ability to form relatively long-lasting hydrogen bonds between their respective Ser46 residues and subject DNA. For the majority of the simulation time, however, these bonds were not present concurrently. This paper represents one of the initial steps towards understanding the interaction between MntR from M. tuberculosis and DNA.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:217:784793
ProjektŠifra: IP-2020-02-3446
Naziv: Manganovi metalosenzori
Naziv: Manganese Metallosensors
Kratica: MaMes
Voditelj: Branimir Bertoša
Pravna nadležnost: Hrvatska
Financijer: Hrvatska zaklada za znanost
Linija financiranja: Research Projects
Studijski programNaziv: Molekularna biologija
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a magistar/magistra molekularne biologije (univ. mag. biol. mol.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2024-09-22 10:57:40