prikaz prve stranice dokumenta Kvantno-kemijsko dokiranje heterocikla u aktivno mjesto butirilkolinesteraze primjenom dubokog pojačanog učenja
Rad dostupan nakon 2025-07-19
diplomski rad
Kvantno-kemijsko dokiranje heterocikla u aktivno mjesto butirilkolinesteraze primjenom dubokog pojačanog učenja
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2024. urn:nbn:hr:217:630197
Jakobović, Nika
Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Kemijski odsjek

Institucijski repozitorij: Repozitorij Prirodoslovno-matematičkog fakulteta

Citirajte ovaj rad

Jakobović, N. (2024). Kvantno-kemijsko dokiranje heterocikla u aktivno mjesto butirilkolinesteraze primjenom dubokog pojačanog učenja (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:630197

Jakobović, Nika. "Kvantno-kemijsko dokiranje heterocikla u aktivno mjesto butirilkolinesteraze primjenom dubokog pojačanog učenja." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2024. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:630197

Jakobović, Nika. "Kvantno-kemijsko dokiranje heterocikla u aktivno mjesto butirilkolinesteraze primjenom dubokog pojačanog učenja." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2024. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:630197

Jakobović, N. (2024). 'Kvantno-kemijsko dokiranje heterocikla u aktivno mjesto butirilkolinesteraze primjenom dubokog pojačanog učenja', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, citirano: 06.10.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:630197

Jakobović N. Kvantno-kemijsko dokiranje heterocikla u aktivno mjesto butirilkolinesteraze primjenom dubokog pojačanog učenja [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet; 2024 [pristupljeno 06.10.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:630197

N. Jakobović, "Kvantno-kemijsko dokiranje heterocikla u aktivno mjesto butirilkolinesteraze primjenom dubokog pojačanog učenja", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb, 2024. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:630197

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:630197
Podaci o radu
NaslovKvantno-kemijsko dokiranje heterocikla u aktivno mjesto butirilkolinesteraze primjenom dubokog pojačanog učenja
Naslov (engleski)Quantum-chemical docking of heterocycles into the active site of butyrylcholinesterase using deep reinforcement learning
AutorNika Jakobović
MentorTomica Hrenar (mentor)
Član povjerenstvaTomica Hrenar (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaAleksandra Maršavelski (član povjerenstva)
Član povjerenstvaIvan Kodrin (član povjerenstva)
Član povjerenstvaBranimir Bertoša (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
(Kemijski odsjek)
Zagreb
Datum i država obrane2024-07-19, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		PRIRODNE ZNANOSTI
Kemija
Sažetak
Alzheimerova bolest teška je i neizlječiva neurološka bolest koju karakterizira gubitak kognitivnih sposobnosti pojedinca. Simptomi uključuju demenciju te promjene u ponašanju i osobnosti bolesnika, a bolest predstavlja jedan od vodećih uzroka smrti u svijetu. Prema kolinergičkoj hipotezi, u mozgu oboljelih osoba smanjena je koncentracija neurotransmitera acetilkolina te se za povećanje njegove koncentracije kao lijekovi koriste inhibitori acetilkolinesteraze i butirilkolinesteraze. Ti inhibitori u svojoj strukturi često sadrže heterocikličke sustave te su u ovom radu istraženi konfiguracijski prostori malih heterocikličkih molekula u aktivnom mjestu butirilkolinesteraze. Molekule aziridina i azetidina te njihove kombinacije dokirane su korištenjem kvantno-kemijskog Monte Carlo dokiranja. Za pretraživanje konfiguracijskih prostora primijenjen je protokol računalstva s velikom propusnošću, a za 100 struktura najniže energije provedene su dodatne optimizacije geometrije i izračuni standardnih Gibbsovih energija vezanja. Pokazano je da se energija dokiranih molekula u aktivnom mjestu butirilkolinesteraze može uspješno procijeniti korištenjem duboke neuronske mreže istrenirane algoritmom dubokoga pojačanog učenja.
Sažetak (engleski)
Alzheimer's disease is a severe and incurable neurological disease that is characterized by the loss of an individual's cognitive abilities. Symptoms are dementia and changes in the patient's behavior and personality, and the disease is one of the leading causes of death in the world. According to the cholinergic hypothesis, the concentration of the neurotransmitter acetylcholine is reduced in the brain of affected individuals, and acetylcholinesterase and butyrylcholinesterase inhibitors are used as drugs to increase its concentration. These inhibitors often contain heterocyclic systems in their structure, and in this work the configurational spaces of small heterocyclic molecules in the active site of butyrylcholinesterase were investigated. Aziridine and azetidine molecules and their combinations were docked using quantum- chemical Monte Carlo docking. A high-throughput computing protocol was applied to search the configurational spaces, and additional geometry optimizations as well as calculation of standard Gibbs binding energies were performed for the 100 lowest energy structures. It has been shown that the energy of docked molecules in the active site of butyrylcholinesterase can be successfully estimated using a deep neural network trained by deep reinforcement learning.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:217:630197
ProjektŠifra: IP-2022-10-9525
Naziv: Metom usmjerena sinteza inhibitora kolinesteraza podržana strojnim učenjem
Naziv: Target-guided synthesis of cholinesterase inhibitors supported by machine learning
Kratica: TargetCh
Voditelj: Ines Primožič
Pravna nadležnost: Hrvatska
Financijer: Hrvatska zaklada za znanost
Linija financiranja: Research Projects
Studijski programNaziv: Kemija; smjerovi: Istraživački
Smjer: Istraživački
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a magistar/magistra kemije (univ. mag. chem.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaRad dostupan nakon
Datum isteka embarga: 2025-07-19
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2024-10-02 13:43:30