prikaz prve stranice dokumenta Optimizacija ekspresije i pročišćavanja atipičnih arginil-tRNA-sintetaza
  Preuzmi
PDF 5.51 MB
diplomski rad
Optimizacija ekspresije i pročišćavanja atipičnih arginil-tRNA-sintetaza
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2024. urn:nbn:hr:217:646127
Knežević, Karla
Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Kemijski odsjek

Institucijski repozitorij: Repozitorij Prirodoslovno-matematičkog fakulteta

Citirajte ovaj rad

Knežević, K. (2024). Optimizacija ekspresije i pročišćavanja atipičnih arginil-tRNA-sintetaza (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:646127

Knežević, Karla. "Optimizacija ekspresije i pročišćavanja atipičnih arginil-tRNA-sintetaza." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2024. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:646127

Knežević, Karla. "Optimizacija ekspresije i pročišćavanja atipičnih arginil-tRNA-sintetaza." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2024. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:646127

Knežević, K. (2024). 'Optimizacija ekspresije i pročišćavanja atipičnih arginil-tRNA-sintetaza', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, citirano: 22.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:646127

Knežević K. Optimizacija ekspresije i pročišćavanja atipičnih arginil-tRNA-sintetaza [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet; 2024 [pristupljeno 22.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:646127

K. Knežević, "Optimizacija ekspresije i pročišćavanja atipičnih arginil-tRNA-sintetaza", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb, 2024. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:646127

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:646127
Podaci o radu
NaslovOptimizacija ekspresije i pročišćavanja atipičnih arginil-tRNA-sintetaza
Naslov (engleski)Optimization of expression and purification of atypical arginyl-tRNA-synthetases
AutorKarla Knežević
MentorIta Gruić Sovulj (mentor)
Član povjerenstvaIta Gruić Sovulj (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaIvana Kekez (član povjerenstva)
Član povjerenstvaIva Juranović Cindrić (član povjerenstva)
Član povjerenstvaMorana Dulić (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
(Kemijski odsjek)
Zagreb
Datum i država obrane2024-09-05, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		PRIRODNE ZNANOSTI
Kemija
Sažetak
Arginil-tRNA-sintetaza (ArgRS) je enzim koji katalizira nastajanje arginil-tRNA, supstrata za biosintezu proteina, u dva koraka: aktivacija arginina pomoću ATP-a te njegovo prenošenje na tRNAArg. Razred aminoacil-tRNA-sintetaza (aaRS) kojemu pripada ArgRS karakterizira očuvana struktura katalitičke domene s dva kanonska motiva, His-hidrofobna aminokiselina-Gly-His (HXGH) i Lys-Met-Ser-Lys-Ser (KMSKS), koji sudjeluju u interakciji s ATP-om te adenilatnim međuproduktom. U literaturi su opisane aaRS s atipičnim motivom HXGH koje posjeduju poboljšana svojstva poput hiperrezistencije na antibiotik. U sklopu ovog diplomskog rada odabrana su dva organizma čije su se atipične ArgRS proučavale: Symbiobacterium thermophilum čija ArgRS umjesto kanonskog motiva HXGH posjeduje motiv Val-Leu-Val-Gln (VLVQ), te Herpetosiphon aurantiacus u čijem se genomu nalaze dva gena za ArgRS: jedan posjeduje kanonski motiv His-Val-Gly-His (HVGH) dok drugi protein ima atipični motiv Arg-Val-Asp-His (RVDH). Svrha ovog istraživanja je optimizacija ekspresije i pročišćavanja arginil-tRNA-sintetaza s atipičnim motivom HXGH te proučavanje kinetike enzimski katalizirane reakcije aminoacilacije. Pronađeni su uvjeti optimalne ekspresije i pročišćavanja ArgRS iz S. thermophilum i H. aurantiacus (HVGH). Proteini aminoaciliraju pripadnu tRNAArg sličnom brzinom. Atipična ArgRS iz H. aurantiacus (RVDH) sklona je agregaciji te nije uspješno pročišćena i kinetički okarakterizirana.
Sažetak (engleski)
Arginyl-tRNA synthetase (ArgRS) catalyzes the formation of arginyl-tRNA, a substrate for protein biosynthesis by a two-step mechanism: ATP-dependant activation of arginine which is followed by arginine transfer to tRNA. The class of aminoacyl tRNA synthetases (aaRS) to which ArgRS belongs is characterized by a conserved catalytic fold containing two canonical motifs which interact with ATP and the adenylate intermediate, His-hydrophobic aminoacid- Gly-His (HXGH) and Lys-Met-Ser-Lys-Ser (KMSKS). Research shows that the aaRS containing the atypical HXGH motif possesses enhanced properties such as hyper-resistance to antibiotics. This research aims to find the optimal conditions for the expression and purification of atypical ArgRS from Symbiobacterium thermophilum and Herpetosiphon aurantiacus. The former's ArgRS possesses the Val-Leu-Val-Gln (VLVQ) motif and the latter's genome has two genes for ArgRS. The primary ArgRS has the canonical His-Val-Gly-His (HVGH) motif but the secondary has the atypical Arg-Val-Asp-His (RVDH) motif. Optimal conditions for expression and purification of S. thermophilum and canonical ArgRS from H. aurantiacus were found. Kinetic characterisation shows that these enzymes have similar aminoacylation rates. H. aurantiacus ArgRS with the atypical RVDH motif is prone to foming soluble aggregates and hence was not successfully purified and kinetically characterized.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:217:646127
ProjektŠifra: IP-2022-10-1400
Naziv: Istraživanja aminoacil-tRNA-sintetaza kao antibiotskih meta i mehanizama kojima razvijaju rezistenciju
Naziv: Investigation of aminoacyl-tRNA syntetases as targets for antibiotics and how they develop resistance mechanisms
Kratica: ARSTARE
Voditelj: Ita Gruić-Sovulj
Pravna nadležnost: Hrvatska
Financijer: Hrvatska zaklada za znanost
Linija financiranja: Research Projects
Studijski programNaziv: Kemija; smjerovi: Istraživački
Smjer: Istraživački
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a magistar/magistra kemije (univ. mag. chem.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2024-10-10 13:56:46