Processing math: 100%
prikaz prve stranice dokumenta Clustering proteinskih poravnanja
  Preuzmi
PDF 601.31 KB
diplomski rad
Clustering proteinskih poravnanja
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2024. urn:nbn:hr:217:771064
Buljan, Milan
Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Matematički odsjek

Institucijski repozitorij: Repozitorij Prirodoslovno-matematičkog fakulteta

Citirajte ovaj rad

Buljan, M. (2024). Clustering proteinskih poravnanja (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:771064

Buljan, Milan. "Clustering proteinskih poravnanja." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2024. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:771064

Buljan, Milan. "Clustering proteinskih poravnanja." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2024. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:771064

Buljan, M. (2024). 'Clustering proteinskih poravnanja', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, citirano: 26.03.2025., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:771064

Buljan M. Clustering proteinskih poravnanja [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet; 2024 [pristupljeno 26.03.2025.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:771064

M. Buljan, "Clustering proteinskih poravnanja", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb, 2024. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:771064

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:771064
Podaci o radu
NaslovClustering proteinskih poravnanja
AutorMilan Buljan
MentorPavle Goldstein (mentor)
Član povjerenstvaPavle Goldstein (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaHrvoje Planinić (član povjerenstva)
Član povjerenstvaMiljenko Marušić (član povjerenstva)
Član povjerenstvaJosip Tambača (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
(Matematički odsjek)
Zagreb
Datum i država obrane2024-11-28, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		PRIRODNE ZNANOSTI
Matematika
Sažetak
U ovom diplomskom radu promatrane su četiri proteinske familije: kinaze, ciklaze, acil transferaze (AT) i MLDH. Problem koji se obrađuje u ovom radu vezan je za pronalazak značajnih pozicija u proteinskim poravnanjima unutar pojedine proteinske familije, a koje su odlučujuće u klasifikaciji tih proteina na dvije podfamilije. Pripadnost podfamilijima u ovom radu nam je bila poznata, cilj je bio dobiti rangiranje pozicija prema vrijednostima F-faktora, a njegovo računanje vršili smo na tri... Više različita načina. Primjenom dvije od te tri metode niz dobijenih F-faktora bio je F distribuiran, dok u trećoj nismo dobijali F distribuiranost podataka, ali ipak su proizlazili slični zaključci. Kroz rad je opisano kako smo sa niza aminokiselina prešli u vektorski prostor i koji je pristup korišten u pripremi podataka za obradu. U konačnici, usporedbom s dosadašnjim istraživanjima utvrđene su brojne sličnosti, ali i neka nova zapažanja, kao i drugačija rangiranja. Također, istaknuli smo pozicije koje su značajne s vjerojatnostima od 99\%, 95\% i 90\%. Prikazom na t-SNE grafovima utvrđeno je kako smo promatranjem top 10 pozicija prema rangiranju dobijali jasne separacije sa svega nekoliko krivo pridruženih proteina. Sakrij dio sažetka
Sažetak (engleski)
In this thesis, four protein families were studied: kinases, cyclases, acyl transferases (AT), and MLDH. The primary focus of this work is identifying significant positions in protein alignments within each protein family that are crucial for classifying these proteins into two subfamilies. The subfamily membership was known in advance, and the goal was to rank the positions based on F-factor values, calculated using three different methods. Using two of these methods, the resulting... Više F-factors followed an F-distribution, while in the third method, the F-distribution was not observed; however, similar conclusions were still reached. The thesis describes the process of transforming amino acid sequences into a vector space and the approach used for preparing the data for analysis. Finally, a comparison with previous research revealed numerous similarities, as well as some new observations and different rankings. We also highlighted positions that are significant with probabilities of 99%, 95%, and 90%. Visualization using t-SNE graphs showed that by focusing on the top 10 positions according to the rankings, clear separations were achieved, with only a few proteins misclassified. Sakrij dio sažetka
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:217:771064
Studijski programNaziv: Matematička statistika
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: sveučilišni magistar matematike (univ. mag. math.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2024-11-11 18:36:17
accessibility

closePristupačnostrefresh

Ako želite spremiti trajne postavke, kliknite Spremi, ako ne - vaše će se postavke poništiti kad zatvorite preglednik.