U ovom diplomskom radu izrađena je programska platforma za izvođenje simulacija dvodimenzionalne molekularne dinamike čije čestice međudjeluju u Lennard-Jonesovom potencijalu. Program za simuliranje molekularne dinamike na računalu je napisan u programskom jeziku Python korištenjem objektno orijentiranih principa. Korištena je programska platforma Anaconda koja uključuje integrirano okruženje za razvoj aplikacija (IDE) Spyder (Scientific PYthon Development EnviRonment) koji uključuje sve potrebne biblioteke za programsko ostvarenje naše aplikacije za simulaciju termodinamike međudjelujućih čestica. Zatim se bavimo proučavanjem uvjeta koje sustav treba zadovoljiti da bismo smatrali da se nalazi u termodinamičkoj ravnoteži. Da bismo bili sigurni u ispravnost rada simulacije molekularne dinamike, rezultate izvođenja simulacije uspoređujemo s rezultatima dobivenih LAMMPS-om (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator), profesionalnom platformom za izvođenje simulacija molekularne dinamike. Zatim izvodimo računalni eksperiment na sustavu sastavljenom od deset tisuća atoma argona, čije rezultate uspoređujemo s teoretski dobivenim rezultatima pomoću virijalne jednadžbe.