prikaz prve stranice dokumenta Algoritmi u poravnavanju očitanja
  Preuzmi
PDF 483.82 KB
završni rad
Algoritmi u poravnavanju očitanja
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2017. urn:nbn:hr:217:508446
Vukoša, Zorana
Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Biološki odsjek

Institucijski repozitorij: Repozitorij Prirodoslovno-matematičkog fakulteta

Citirajte ovaj rad

Vukoša, Z. (2017). Algoritmi u poravnavanju očitanja (Završni rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:508446

Vukoša, Zorana. "Algoritmi u poravnavanju očitanja." Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2017. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:508446

Vukoša, Zorana. "Algoritmi u poravnavanju očitanja." Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2017. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:508446

Vukoša, Z. (2017). 'Algoritmi u poravnavanju očitanja', Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, citirano: 29.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:508446

Vukoša Z. Algoritmi u poravnavanju očitanja [Završni rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet; 2017 [pristupljeno 29.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:508446

Z. Vukoša, "Algoritmi u poravnavanju očitanja", Završni rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb, 2017. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:508446

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:508446
Podaci o radu
NaslovAlgoritmi u poravnavanju očitanja
Naslov (engleski)Algorithms in Read Alignment
AutorZorana Vukoša
MentorGoran Igaly (mentor)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
(Biološki odsjek)
Zagreb
Datum i država obrane2017-07-05, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		PRIRODNE ZNANOSTI
Biologija
Sažetak
Poravnanje očitanja je korak u sekvenciranju nove generacije gdje se sva očitanja dobivena s platformi za sekvenciranje uspoređuju s referentnom sekvencom kako bi se dobila željena sekvenca. Razni algoritmi su korišteni kako bi olakšali uređivanje velikih brojeva očitavanja na njihovim točnim pozicijama u odnosu na reference. Algoritmi navedeni u ovom radu su temeljni alati za poravnanje očitanja. Razvoj ideje o ubrzanju i poboljšanju algoritma je prikazan od najosnovnijeg algoritma naivnog uparivanja nizova do offline algoritama koji pretprocesiraju tekst jednom te onda koriste indeks stvoren u toj fazi kako bi pronašli očitanja u fazi pretraživanja. Algoritmi će se unapređivati zajedno s platformama za sekvenciranje te u budućnosti možemo očekivati brže i točnije načine za sekvenciranje željenih genoma.
Sažetak (engleski)
Read alignment is a step in Next generation sequencing where all the reads obtained from sequencing platforms are compared to the reference sequence in order to get the wanted sequence. Various algorithms are used to facilitate ordering of the large number of reads to their exact position in respect to the reference. Algorithms mentioned in this thesis are basis of all the read alignment tools. Evolution of the idea on how to speed up and improve algorithm is shown from the most basic Naive string matching algorithm to offline algorithms that preprocess text once and then use the index created in that phase to match the reads in the searching phase. Algorithms are going to evolve together with the sequencing platforms, so we expect that faster and more accurate ways for sequencing the desired genomes will be found.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:217:508446
Studijski programNaziv: Molekularna biologija
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: preddiplomski
Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a prvostupnik/prvostupnica (baccalaureus/baccalaurea) molekularne biologije (univ. bacc. biol. mol.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2017-09-08 10:11:41