prikaz prve stranice dokumenta Modeliranje strukture i reaktivnosti organskih molekula novom klaster-kontinuum metodom solvatacije
  Preuzmi
PDF 6.11 MB
disertacija
Modeliranje strukture i reaktivnosti organskih molekula novom klaster-kontinuum metodom solvatacije
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2015. urn:nbn:hr:217:272091
Rončević, Igor
Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Kemijski odsjek

Institucijski repozitorij: Repozitorij Prirodoslovno-matematičkog fakulteta

Citirajte ovaj rad

Rončević, I. (2015). Modeliranje strukture i reaktivnosti organskih molekula novom klaster-kontinuum metodom solvatacije (Disertacija). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:272091

Rončević, Igor. "Modeliranje strukture i reaktivnosti organskih molekula novom klaster-kontinuum metodom solvatacije." Disertacija, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2015. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:272091

Rončević, Igor. "Modeliranje strukture i reaktivnosti organskih molekula novom klaster-kontinuum metodom solvatacije." Disertacija, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2015. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:272091

Rončević, I. (2015). 'Modeliranje strukture i reaktivnosti organskih molekula novom klaster-kontinuum metodom solvatacije', Disertacija, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, citirano: 25.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:272091

Rončević I. Modeliranje strukture i reaktivnosti organskih molekula novom klaster-kontinuum metodom solvatacije [Disertacija]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet; 2015 [pristupljeno 25.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:272091

I. Rončević, "Modeliranje strukture i reaktivnosti organskih molekula novom klaster-kontinuum metodom solvatacije", Disertacija, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb, 2015. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:272091

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:272091
Podaci o radu
NaslovModeliranje strukture i reaktivnosti organskih molekula novom klaster-kontinuum metodom solvatacije
Naslov (engleski)Modeling the stucture and reactivity of organic compounds using a new cluster-continuum solvation method
AutorIgor Rončević
MentorZlatko Mihalić (mentor)
Član povjerenstvaBranimir Bertoša (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaZlatko Mihalić (član povjerenstva)
Član povjerenstvaZoran Glasovac (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
(Kemijski odsjek)
Zagreb
Datum i država obrane2015-06-30, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		PRIRODNE ZNANOSTI
Kemija
Univerzalna decimalna klasifikacija
(UDC)		54 - Kemija. Kristalografija. Mineralogija
Sažetak
U ovoj disertaciji predstavljena je i primijenjena nova klaster-kontinuum metoda za opis solvatacije. U odnosu na postojeće, ova metoda uvodi novi pristup generiranju klastera na način da se solutu dodaju najvažnije molekule otapala. Pristup se temelji na konceptu solvatacijskih sfera funkcionalnih skupina. Radijusi solvatacijskih sfera dobivaju se analizom radijalnih funkcija raspodjele molekula otapala oko funkcionalnih skupina soluta, što omogućuje eliminaciju molekula otapala koje nisu potrebne za točan opis solvatacije. Nakon toga, daljnja analiza vrši se usporedbom interakcijskih energija preostalih molekula otapala. Predstavljena metoda omogućuje jednostavno, efikasno i nepristrano dobivanje geometrija s određenim brojem molekula otapala. Testiranje metode provedeno je na dva modelna sustava u vodi. Analizom dobivenih geometrija identificirani su obrasci vezanja nabijenih i neutralnih vrsta s molekulama vode, dok su dobivene energije, utežene Boltzmannovom raspodjelom, dale vrijednosti termodinamičkih veličina u odstupanju od 1 kcal/mol od eksperimentalnih. Nakon toga, metoda je iskorištena za istraživanje mogućih reakcijskih mehanizama hidrolize acetil-klorida.
Sažetak (engleski)
In this dissertation, a new cluster-continuum solvation modeling method is presented and applied. The most important feature of this method is a novel approach for the generation of clusters, in which only important solvent molecules are added to the solute. This approach is based on the concept of functional group solvation spheres. Solvation sphere radii are defined by analyzing radial distribution functions of solvent molecules around solute functional groups, which enables the elimination of molecules unperturbed by the solute. Also, the presented method implements a procedure for simple, effective and unbiased generation of geometries with a selected number of solvent molecules. This is achieved by sorting the solvent molecules according to their interaction energy. The method was tested on two model systems, using water as the solvent. The patterns of solvent-solute bonding for neutral and charged molecules were identified by analysis of obtained geometries, while the calculated Boltzmann weighted Gibbs energies gave values of thermodynamic quantities with an average deviation of 1 kcal/mol when compared to experimental data. After that, the method was used for the investigation of acetyl-chloride hydrolysis reaction mechanisms.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:217:272091
Studijski programNaziv: Kemija
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: poslijediplomski doktorski
Akademski / stručni naziv: doktor/doktorica znanosti, područje prirodnih znanosti, polje kemija (dr. sc.)
Vrsta resursaTekst
Opseg160 str. ; 30 cm
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2017-02-10 12:15:17