prikaz prve stranice dokumenta Promjena entropije metiloma kao pokazatelj epigenetičke deregulacije uzrokovane stresom ili malignom transformacijom
  Preuzmi
PDF 975.18 KB
diplomski rad
Promjena entropije metiloma kao pokazatelj epigenetičke deregulacije uzrokovane stresom ili malignom transformacijom
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2017. urn:nbn:hr:217:399277
Rožmanić, Carmen
Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Biološki odsjek

Institucijski repozitorij: Repozitorij Prirodoslovno-matematičkog fakulteta

Citirajte ovaj rad

Rožmanić, C. (2017). Promjena entropije metiloma kao pokazatelj epigenetičke deregulacije uzrokovane stresom ili malignom transformacijom (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:399277

Rožmanić, Carmen. "Promjena entropije metiloma kao pokazatelj epigenetičke deregulacije uzrokovane stresom ili malignom transformacijom." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2017. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:399277

Rožmanić, Carmen. "Promjena entropije metiloma kao pokazatelj epigenetičke deregulacije uzrokovane stresom ili malignom transformacijom." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2017. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:399277

Rožmanić, C. (2017). 'Promjena entropije metiloma kao pokazatelj epigenetičke deregulacije uzrokovane stresom ili malignom transformacijom', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, citirano: 23.12.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:399277

Rožmanić C. Promjena entropije metiloma kao pokazatelj epigenetičke deregulacije uzrokovane stresom ili malignom transformacijom [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet; 2017 [pristupljeno 23.12.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:399277

C. Rožmanić, "Promjena entropije metiloma kao pokazatelj epigenetičke deregulacije uzrokovane stresom ili malignom transformacijom", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb, 2017. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:399277

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:399277
Podaci o radu
NaslovPromjena entropije metiloma kao pokazatelj epigenetičke deregulacije uzrokovane stresom ili malignom transformacijom
Naslov (engleski)The change in methylome entropy as an indicator of epigenetic deregulation caused by stress or malignant transformation
AutorCarmen Rožmanić
MentorAleksandar Vojta (mentor)
Član povjerenstvaAleksandar Vojta (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaAnamaria Štambuk (član povjerenstva)
Član povjerenstvaMarija Gligora Udovič (član povjerenstva)
Član povjerenstvaMirjana Pavlica (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
(Biološki odsjek)
Zagreb
Datum i država obrane2017-12-19, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		PRIRODNE ZNANOSTI
Biologija
Sažetak
Koncept entropije prelazi granice teorijske fizike i može se proširiti na teoriju informacije, gdje je poznat kao Shannonova entropija i služi za kvantifikaciju informacijskog sadržaja poruke. Ovaj pristup može se iskoristiti za kvantitativnu procjenu varijacije metilacije DNA, koja predstavlja važan epigenetički mehanizam. Entropija sadržana u uzorku metilacije DNA (entropija metiloma) korelira sa starošću organizma, a promjene u metilaciji DNA povezane su i s kompleksnim bolestima koje prate starenje, kao što su metaboličke bolesti i rak. Djelovanjem stresa aktiviraju se obrambeni mehanizmi stanice koji su epigenetički uvjetovani. Do sada je pokazano da se epigenetičke promjene uzrokovane starenjem i malignom transformacijom odražavaju na informacijskom sadržaju, odnosno entropiji metiloma. U ovom diplomskom radu odabrani su prikladni setovi podataka iz javne baze podataka GEO, implementirana je metoda za određivanje entropije metiloma, određena je epigenetička dob uzoraka i testirana je hipoteza da su promjene uzrokovane raznim tipovima stresa na staničnoj razini analogne promjenama kod degenerativnih procesa kao što su starenje i maligna transformacija. Dobiveni rezultati nemaju statističku značajnost i ovim istraživanjem nije potvrđena postavljena hipoteza. Odabir setova podataka s većim brojem uzoraka ili određivanje entropije posebno odabranih CpG mjesta koja su specifično vezana uz stres bi moglo u budućim istraživanjima dati statistički značajne rezultate.
Sažetak (engleski)
The concept of entropy exceeds the boundaries of theoretical physics and can be expanded on the theory of information where it is known as Shannon entropy. Shannon entropy is used for quantifying information content of a message. This approach can be used to evaluate the variation in DNA methylation, which represents an important epigenetic mechanism. Entropy of DNA methylation patterns (methylome entropy) correlates with chronological age, and changes in DNA methylation are associated with age-related diseases, such as cancer and metabolic disease. On cellular level, stress activates defensive mechanisms, which are epigenetically conditioned. So far it has been shown that epigenetic changes caused by aging and malignant transformation are reflected on information content, or in other words, on methylation entropy. In this thesis we selected data sets from Gene Expression Omnibus (GEO) database, we implemented the method for calculating methylation entropy, we determined the epigenetic age of selected data and we tested the hypothesis that changes caused by various types of stress on a cellular level are synonymous to changes happening in degenerative processes like aging and malignant transformation. Obtained data doesn’t have statistic value, and this experiment didn’t prove the hypothesis. In further experiments of this type. Choosing data sets with bigger number of samples or determinating entropy of carefully chosen CpG places which are in specific correlation with stress could in future scientific research give statistically significant results.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:217:399277
Studijski programNaziv: Eksperimentalna biologija
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra eksperimentalne biologije (mag. biol. exp.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2018-01-30 09:00:29