Iako se to nije uvijek činilo tako, transpozoni tvore važan dio eukariotskog genoma. Prisutni su u genomu eukariota još od njihovog zajedničkog pretka i pronađeni u genomima svih vrsta organizama, no nisu svi bili jednako uspješni u svim organizmima. Očit utjecaj transpozonske aktivnosti na domaćina vidi se u veličini genoma koja varira i između blisko srodnih vrsta, no to nije jedini način na koji su transpozoni utjecali na eukariotske genome i pridonijeli njihovoj evoluciji. Kao insercijski mutagen, transpozon može izazvati promjene koje dovode do djelomičnog ili potpunog gubitka funkcije gena. Izrezivanje transpozona iz genoma je često nepotpuno te može uzrokovati delecije i inverzije u genomu domaćina. U nekim uvjetima ugradnja ili izrezivanje transpozona može dovesti do stvaranja novih alela u genomima, a novi aleli preduvjet su za specijaciju i nastanak novih vrsta. Preraspodjele kromosoma, koje uzrokuju transpozoni, za jedinke koje ih imaju mogu predstavljati selektivnu prednost i dovesti do stvaranja novih funkcionalnih gena ili do raznolikosti vrsta, a postoji teorija da su imali važnu ulogu u evoluciji nekih regulatornih mehanizama eukariota. Svojstva DNA transpozona predodređuju ih za izazivanje mehanizama utišavanja gena u genomu domaćina, a predstavljaju i pokretne mete u genomu za formiranje i održavanje heterokromatina. Jedna od novijih teorija o ulozi transpozona u eukariotskoj evoluciji koristi činjenicu da transpozoni u genomu predstavljaju novu, neiskorištenu DNA koja može služiti za slaganje novih gena iskorištavajući one osobine transpozona koje trebaju genomu domaćina.