prikaz prve stranice dokumenta Uspostava rekombinantnih mišjih embrionalnih matičnih stanica u svrhu istraživanja fleksibilnosti DNA
  Preuzmi
PDF 2.03 MB
diplomski rad
Uspostava rekombinantnih mišjih embrionalnih matičnih stanica u svrhu istraživanja fleksibilnosti DNA
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2018. urn:nbn:hr:217:642635
Mikičić, Ivan
Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Biološki odsjek

Institucijski repozitorij: Repozitorij Prirodoslovno-matematičkog fakulteta

Citirajte ovaj rad

Mikičić, I. (2018). Uspostava rekombinantnih mišjih embrionalnih matičnih stanica u svrhu istraživanja fleksibilnosti DNA (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:642635

Mikičić, Ivan. "Uspostava rekombinantnih mišjih embrionalnih matičnih stanica u svrhu istraživanja fleksibilnosti DNA." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2018. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:642635

Mikičić, Ivan. "Uspostava rekombinantnih mišjih embrionalnih matičnih stanica u svrhu istraživanja fleksibilnosti DNA." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2018. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:642635

Mikičić, I. (2018). 'Uspostava rekombinantnih mišjih embrionalnih matičnih stanica u svrhu istraživanja fleksibilnosti DNA', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, citirano: 31.12.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:642635

Mikičić I. Uspostava rekombinantnih mišjih embrionalnih matičnih stanica u svrhu istraživanja fleksibilnosti DNA [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet; 2018 [pristupljeno 31.12.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:642635

I. Mikičić, "Uspostava rekombinantnih mišjih embrionalnih matičnih stanica u svrhu istraživanja fleksibilnosti DNA", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb, 2018. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:642635

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:642635
Podaci o radu
NaslovUspostava rekombinantnih mišjih embrionalnih matičnih stanica u svrhu istraživanja fleksibilnosti DNA
Naslov (engleski)Establishment of recombinant mouse embryonic stem cells for use in DNA flexibility assays
AutorIvan Mikičić
MentorFrancis Stewart (mentor)
MentorIvana Ivančić Baće (mentor)
Član povjerenstvaIvana Ivančić Baće (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaMartina Šeruga Musić (član povjerenstva)
Član povjerenstvaŽeljka Vidaković-Cifrek (član povjerenstva)
Član povjerenstvaInga Marijanović (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
(Biološki odsjek)
Zagreb
Datum i država obrane2018-02-19, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		PRIRODNE ZNANOSTI
Biologija
Sažetak
Kvantitativnim mjerenjem fleksibilnosti DNA u stanicama HEK293 metodama mjesno-specifične rekombinacije i Southern blota uočeno je da je fleksibilnost DNA in vivo dvostruko veća nego in vitro, što je pripisano namatanju DNA oko nukleosoma te kromatinskoj remodelaciji. Utišavanje razvojno-specifičnih gena lokalnim remodeliranjem kromatina također bi moglo uzrokovati promjenu fleksibilnosti DNA. Cilj ovog diplomskog rada bio je pripremiti mišje embrionalne matične stanice (mEMS) s ugrađenim različitim genskim kazetama za mjerenje i usporedbu fleksibilnosti DNA s mišjim neuralnim matičnim stanicama (mNMS). Kloniranjem gena proizvedena je serija od 10 plazmida koji sadrže različite genske kazete: mjesta loxP različitih udaljenosti (od 70 bp do 2359 bp), 5' i 3' homologiju s kromosomskim genom mNanog te gen za otpornost na antibiotik blasticidin. Kloniranjem gena razvijene su probe za provjeru ispravnosti kazeta metodom Southern blot, te su razvijene početnice za provjeru metodom lančane reakcije polimerazom (PCR). Uvođenjem dvolančanog loma potpomognutim metodom CRISPR-Cas9 uspješno su ugrađene kazete svih 10 plasmida u gen mNanog, što je potvrđeno metodom Southern blot.
Sažetak (engleski)
Using quantitative measurement of DNA flexibility in HEK293 cells by methods of site-specific recombination and Southern blot, it has been observed that in vivo DNA flexibility is double that of in vitro DNA, which has been ascribed to nucleosomal DNA wrapping and chromatin remodeling. Silencing of development-specific genes by local chromatin remodeling could also cause a change in DNA flexibility. The aim of this Master's thesis was to prepare the mouse embryonic stem cells (mESCs) with different integrated gene cassettes for measurement and comparison of DNA flexibility with mouse neuronal stem cells (mNSCs). Gene cloning was used to prepare a series of ten plasmids containing the different gene cassettes: loxP sites of different distances (from 70 bp to 2359 bp), 5' and 3' homology to chromosomal mNanog gene and blasticidin resistance gene. Probes for cassette verification by Southern blotting were produced by gene cloning and primers for verification by polymerase chain reaction (PCR) were designed. Introducing a double-stranded break assisted by CRISPR-Cas9 method, all 10 targeting constructs were successfully inserted into the mNanog gene, which was verified by Southern blotting.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:217:642635
Studijski programNaziv: Molekularna biologija
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra molekularne biologije (mag. biol. mol.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Datum isteka embarga: 2019-10-19
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2018-03-14 12:43:14