prikaz prve stranice dokumenta Mehanizam diskriminacije leucina u mjestu za popravak pogreške leucil-tRNA-sintetaze
  Preuzmi
PDF 2.72 MB
diplomski rad
Mehanizam diskriminacije leucina u mjestu za popravak pogreške leucil-tRNA-sintetaze
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2016. urn:nbn:hr:217:773199
Živković, Igor
Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Kemijski odsjek

Institucijski repozitorij: Repozitorij Prirodoslovno-matematičkog fakulteta

Citirajte ovaj rad

Živković, I. (2016). Mehanizam diskriminacije leucina u mjestu za popravak pogreške leucil-tRNA-sintetaze (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:773199

Živković, Igor. "Mehanizam diskriminacije leucina u mjestu za popravak pogreške leucil-tRNA-sintetaze." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2016. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:773199

Živković, Igor. "Mehanizam diskriminacije leucina u mjestu za popravak pogreške leucil-tRNA-sintetaze." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2016. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:773199

Živković, I. (2016). 'Mehanizam diskriminacije leucina u mjestu za popravak pogreške leucil-tRNA-sintetaze', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, citirano: 24.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:773199

Živković I. Mehanizam diskriminacije leucina u mjestu za popravak pogreške leucil-tRNA-sintetaze [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet; 2016 [pristupljeno 24.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:773199

I. Živković, "Mehanizam diskriminacije leucina u mjestu za popravak pogreške leucil-tRNA-sintetaze", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb, 2016. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:773199

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:773199
Podaci o radu
NaslovMehanizam diskriminacije leucina u mjestu za popravak pogreške leucil-tRNA-sintetaze
Naslov (engleski)The mechanism of leucine discrimination in the editing site of leucyl-tRNA synthetase
AutorIgor Živković
MentorIta Gruić Sovulj (mentor)
MentorBranimir Bertoša (mentor)
Član povjerenstvaIta Gruić Sovulj (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaBranimir Bertoša (član povjerenstva)
Član povjerenstvaBiserka Prugovečki (član povjerenstva)
Član povjerenstvaPredrag Novak (član povjerenstva)
Član povjerenstvaJasmina Rokov Plavec (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
(Kemijski odsjek)
Zagreb
Datum i država obrane2016-07-12, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		PRIRODNE ZNANOSTI
Kemija
Sažetak
Enzimi leucil-tRNA-sintetaze (LeuRS) kovalentno vežu leucin na tRNALeu. Osim leucina, LeuRS na tRNALeu mogu prenositi i nepripadne aminokiseline, pri čemu je najveća prijetnja točnosti te reakcije neproteinogeni norvalin. Iz tog razloga LeuRS posjeduje mehanizme za popravak pogreške. Većina popravka odvija se nakon prijenosa aminokiseline na tRNA u zasebnoj domeni za popravak pogreške. Kako bismo odgovorili na pitanje diskriminira li domena za popravak Leu-tRNALeu na temelju vezanja, kao što je dosad smatrano, ili kinetike, provedene su simulacije molekularne dinamike (MD) divljeg tipa i mutanta T252A, za koji je poznato da hidrolizira Leu-tRNALeu, s analozima supstrata leucil- i norvalil-2'-adenozinom u domeni za popravak pogreške. Naši rezultati sugeriraju da vezanje leucina u konformaciji opisanoj torzijskim kutem N-Cα-Cβ-Cγ od oko ±180° uzrokuje kaskadu događaja koja dovodi do udaljavanja katalitičke vode od veze koja se hidrolizira i do smanjenog vremenskog udjela koji ona provodi u aktivnom mjestu tijekom simulacije. Ovo se ne odvija kod simulacija T252A mutanta, kao ni kod simulacija T252S i T252V mutanata. Kinetički rezultati sugeriraju da mutanti T252S i T252V akumuliraju Leu-tRNALeu kao i divlji tip enzima, što je donekle u neslaganju s rezultatima dobivenim MD simulacijama.
Sažetak (engleski)
Leucyl-tRNA synthetase (LeuRS) covalently couples leucine with tRNALeu. These enzymes can also transfer several non-cognate amino acids on tRNALeu with the biggest threat to fidelity posed by non-proteinogenic norvaline. To prevent misacylation, LeuRS employs editing. The predominant editing pathway occurs at the separate editing domain following aminoacyl transfer to tRNA. To address the question if the editing domain discriminates leucine based on ground state binding, as anticipated, or based on the kinetics, we employed molecular dynamics (MD) simulation for the wild type LeuRS and the mutant T252A, which hydrolyses Leu-tRNALeu, with the substrate analogues leucyl- and norvalyl-2’-adenosine in the editing active site. Our results suggest that binding of leucine in a conformation defined by N-Cα-Cβ-Cγ torsion angle of approximately ±180° triggers a cascade of events that result in distancing of the catalytic water from the susceptible bond and decrease in time the water molecule occupies the active site. This was not observed in T252A, nor in the mutants T252S and T252V. Kinetic results suggest that T252S and T252V accumulate Leu-tRNALeu wild type alike, which is somewhat in disagreement with MD results.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:217:773199
Studijski programNaziv: Kemija; smjerovi: istraživački
Smjer: istraživački
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra kemije (mag. chem.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Datum isteka embarga: 2017-07-12
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2017-03-14 17:10:42