prikaz prve stranice dokumenta Računalno istraživanje purinske nukleozidne fosforilaze iz bakterije Helicobacter pylori
  Preuzmi
PDF 94.86 MB
diplomski rad
Računalno istraživanje purinske nukleozidne fosforilaze iz bakterije Helicobacter pylori
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2018. urn:nbn:hr:217:904676
Vuković, Vedran
Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Biološki odsjek

Institucijski repozitorij: Repozitorij Prirodoslovno-matematičkog fakulteta

Citirajte ovaj rad

Vuković, V. (2018). Računalno istraživanje purinske nukleozidne fosforilaze iz bakterije Helicobacter pylori (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:904676

Vuković, Vedran. "Računalno istraživanje purinske nukleozidne fosforilaze iz bakterije Helicobacter pylori." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2018. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:904676

Vuković, Vedran. "Računalno istraživanje purinske nukleozidne fosforilaze iz bakterije Helicobacter pylori." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2018. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:904676

Vuković, V. (2018). 'Računalno istraživanje purinske nukleozidne fosforilaze iz bakterije Helicobacter pylori', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, citirano: 25.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:904676

Vuković V. Računalno istraživanje purinske nukleozidne fosforilaze iz bakterije Helicobacter pylori [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet; 2018 [pristupljeno 25.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:904676

V. Vuković, "Računalno istraživanje purinske nukleozidne fosforilaze iz bakterije Helicobacter pylori", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb, 2018. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:904676

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:904676
Podaci o radu
NaslovRačunalno istraživanje purinske nukleozidne fosforilaze iz bakterije Helicobacter pylori
Naslov (engleski)Computational investigation of Helicobacter pylori purine Nucleoside Phosphorylase
AutorVedran Vuković
MentorBranimir Bertoša (mentor)
Član povjerenstvaBranimir Bertoša (član povjerenstva)
Član povjerenstvaDamjan Franjević (član povjerenstva)
Član povjerenstvaMartina Šeruga Musić (član povjerenstva)
Član povjerenstvaIvana Ivančić Baće (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
(Biološki odsjek)
Zagreb
Datum i država obrane2018-02-23, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		PRIRODNE ZNANOSTI
Biologija
Sažetak
Purinska nukleozidna fosforilaza (PNP) enzim je koji sudjeluje u metabolizmu razgradnje nukleotida. Ljudski i bakterijski enzimi razlikuju se po primarnom nizu aminokiselina, stupnju oligomerizacije u nativnom stanju (trimeri, odnosno heksameri) te specifičnosti prema supstratima. Cilj je ovog rada bio istražiti strukturna i dinamička svojstva PNP-a iz bakterije Helicobacter pylori (HpPNP), čija je struktura nedavno riješena rendgenskom strukturnom analizom, te utjecaj prirodnih supstrata i potencijalnih inhibitora na enzim HpPNP korištenjem računalnih metoda. Vezanje liganada u vezno mjesto enzima HpPNP proučavano je metodom molekulskog uklapanja (eng. docking). Metoda molekulske dinamike korištena je za izučavanje strukturnih i dinamičkih svojstava enzima HpPNP, samog i u kompleksima s različitim ligandima. Ukupno je napravljeno 9 simulacija duljine 20 ns na temelju 9 različitih sustava, od kojih 7 sadrži ligande u veznim mjestima HpPNP, dok u preostala dva sustava nema liganada. Pronađene su i opisane nekovalentne interakcije liganada s aminokiselinskim ostatcima veznog mjesta. Uočene su razlike u konformaciji vezanih liganada i njihov utjecaj na vodikove veze između podjedinica heksamera. Metodom analize glavnih komponenata zamijećene su veće konformacijske promjene enzima HpPNP.
Sažetak (engleski)
Purine nucleoside phosphorylase (PNP) is an enzyme which participates in nucleoside degradation metabolism. Human and bacterial enzymes differ in primary amino acid sequence, oligomerisation in the native state (trimers and hexamers, respectively) and substrate specificity. The goal of this Thesis was to investigate structural and dynamic properties of Helicobacter pylori PNP (HpPNP) enzyme in apo form and in complexes with different ligands, the structure of which was recently solved using X-ray structure dete rmination, using computational methods. Ligand binding to the HpPNP enzyme active site was studied using molecular docking approach. Molecular dynamics simulations were used to investigate the influence of ligands on the HpPNP enzyme. Nine systems were simulated, up to 20 ns each. Seven of these systems contain ligands in HpPNP enzyme binding sites, while the remaining two contain no ligands. Non-covalent interactions between ligands and binding site amino acid residues were identified and analysed. Differences in conformations of the ligands bound and their influence on hydrogen bonds between hexamer subunits were observed. Large conformational changes of the HpPNP enzyme were detected using principal component analysis.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:217:904676
Studijski programNaziv: Molekularna biologija
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra molekularne biologije (mag. biol. mol.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2018-05-03 07:58:32