prikaz prve stranice dokumenta Molekulsko modeliranje bakterijskih dipeptidil-peptidaza III
  Preuzmi
PDF 7.85 MB
disertacija
Molekulsko modeliranje bakterijskih dipeptidil-peptidaza III
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2018. urn:nbn:hr:217:561583
Tomin, Marko
Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Kemijski odsjek

Institucijski repozitorij: Repozitorij Prirodoslovno-matematičkog fakulteta

Citirajte ovaj rad

Tomin, M. (2018). Molekulsko modeliranje bakterijskih dipeptidil-peptidaza III (Disertacija). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:561583

Tomin, Marko. "Molekulsko modeliranje bakterijskih dipeptidil-peptidaza III." Disertacija, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2018. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:561583

Tomin, Marko. "Molekulsko modeliranje bakterijskih dipeptidil-peptidaza III." Disertacija, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2018. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:561583

Tomin, M. (2018). 'Molekulsko modeliranje bakterijskih dipeptidil-peptidaza III', Disertacija, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, citirano: 22.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:561583

Tomin M. Molekulsko modeliranje bakterijskih dipeptidil-peptidaza III [Disertacija]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet; 2018 [pristupljeno 22.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:561583

M. Tomin, "Molekulsko modeliranje bakterijskih dipeptidil-peptidaza III", Disertacija, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb, 2018. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:561583

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:561583
Podaci o radu
NaslovMolekulsko modeliranje bakterijskih dipeptidil-peptidaza III
Naslov (engleski)Molecular modellling of bacterial dipeptidyl-peptidases III
AutorMarko Tomin
MentorSanja Tomić (mentor)
Član povjerenstvaBranimir Bertoša (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaZlatko Mihalić (član povjerenstva)
Član povjerenstvaMarija Abramić (član povjerenstva)
Član povjerenstvaDavid Matthew Smith (član povjerenstva)
MBZ: 260506
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
(Kemijski odsjek)
Zagreb
Datum i država obrane2018-05-24, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		PRIRODNE ZNANOSTI
Kemija
Univerzalna decimalna klasifikacija
(UDC)		54 - Kemija. Kristalografija. Mineralogija
Sažetak
Dipeptidil-peptidaza III (DPP III) dvodomenski je protein, metalopeptidaza iz porodice M49, koja u aktivnom mjestu sadrži ion cinka te otcjepljuje dipeptide s N-kraja svojih supstrata. Fokus ove doktorske disertacije bilo je proučavanje strukture i dinamike dviju bakterijskih DPP III: iz mezofila Bacteroides thetaiotaomicron i iz termofila Caldithrix abyssi, te njihovih kompleksa sa sintetičkim supstratima i odabranim inhibitorima. Metodama molekulske dinamike izučavane su konformacijske promjene dugog dosega unutar enzima i pritom je ispitana uspješnost nekoliko polja sila u reproduciranju eksperimentalnih struktura i očekivanih gibanja. Usporedbom strukture i dinamike proteina iz termofilnog i mezofilnog mikroorganizma pružen je uvid u strukturnu osnovu za termalnu stabilnost DPP III iz Caldithrix abyssi. Određeni su biološki relevantni načini vezanja supstrata, odnosno inhibitora, što je omogućilo povezivanje supstratne specifičnosti i aktivnosti pojedinih ortologa sa strukturnim karakteristikama kompleksa i fleksibilnosti enzima. Dobiveni rezultati korišteni su za izradu modelnog sustava DPP III iz Bacteroides thetaiotaomicron koji je podvrgnut kvantno-mehaničkim računima te je predložen mehanizam hidrolize peptidne veze kataliziran od strane navedene peptidaze.
Sažetak (engleski)
Dipeptidyl peptidase III (DPP III) is a two-domain protein, a metallopeptidase from the M49 family which contains a zinc ion within its active site and cleaves dipeptides from the N-terminus of its substrates. The aim of this thesis was was to study the structure and flexibility of DPP III from the mesophilic bacterium Bacteroides thetaiotaomicron and the thermophile Caldithrix abyssi as well as their complexes with synthetic substrates and selected inhibitors. Several force fields have been tested in order to determine the most suitable one for studying the long-range conformational motions of the enzyme. Comparison of results obtained for a termophile with those of a mesophile revealed the structural reasons for thermal stability of DPP III from Caldithrix abyssi. The biologically relevant binding modes of substrates and inhibitors were identified and correlated with structural characteristics of the respective complexes, as well as with the enzyme flexibility. These results were used to build a model system of the Bacteroides thetaiomicron DPP III which was used in a quantum mechanics study in order to propose the reaction mechanism of the peptide bond hydrolysis.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:217:561583
Studijski programNaziv: Kemija
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: poslijediplomski doktorski
Akademski / stručni naziv: doktor/doktorica znanosti, područje prirodnih znanosti, polje kemija (dr. sc.)
Vrsta resursaTekst
Opseg124 str. ; 30 cm
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2018-06-05 11:12:12