prikaz prve stranice dokumenta Identifikacija i karakterizacija niskozastupljenih satelitnih DNA u genomu vrste Tribolium castaneum
  Preuzmi
PDF 2.22 MB
diplomski rad
Identifikacija i karakterizacija niskozastupljenih satelitnih DNA u genomu vrste Tribolium castaneum
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2018. urn:nbn:hr:217:938878
Dombi, Mira
Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Biološki odsjek

Institucijski repozitorij: Repozitorij Prirodoslovno-matematičkog fakulteta

Citirajte ovaj rad

Dombi, M. (2018). Identifikacija i karakterizacija niskozastupljenih satelitnih DNA u genomu vrste Tribolium castaneum (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:938878

Dombi, Mira. "Identifikacija i karakterizacija niskozastupljenih satelitnih DNA u genomu vrste Tribolium castaneum." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2018. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:938878

Dombi, Mira. "Identifikacija i karakterizacija niskozastupljenih satelitnih DNA u genomu vrste Tribolium castaneum." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2018. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:938878

Dombi, M. (2018). 'Identifikacija i karakterizacija niskozastupljenih satelitnih DNA u genomu vrste Tribolium castaneum', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, citirano: 22.12.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:938878

Dombi M. Identifikacija i karakterizacija niskozastupljenih satelitnih DNA u genomu vrste Tribolium castaneum [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet; 2018 [pristupljeno 22.12.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:938878

M. Dombi, "Identifikacija i karakterizacija niskozastupljenih satelitnih DNA u genomu vrste Tribolium castaneum", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb, 2018. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:938878

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:938878
Podaci o radu
NaslovIdentifikacija i karakterizacija niskozastupljenih satelitnih DNA u genomu vrste Tribolium castaneum
AutorMira Dombi
MentorBrankica Mravinac (mentor)
MentorVišnja Besendorfer (mentor)
Član povjerenstvaVišnja Besendorfer (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaNada Oršolić (član povjerenstva)
Član povjerenstvaŽeljka Vidaković-Cifrek (član povjerenstva)
Član povjerenstvaPetra Korać (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
(Biološki odsjek)
Zagreb
Datum i država obrane2018-09-24, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		PRIRODNE ZNANOSTI
Biologija
Sažetak
Satelitne DNA su uzastopno ponavljajuće sekvence raširene u heterokromatinskim regijama eukariotskih genoma, a karakterizira ih još uvijek nedovoljno rasvijetljena funkcija. Kukac kestenjasti brašnar Tribolium castaneum je izvrstan modelni organizam koji se desetljećima koristi u molekularnim istraživanjima. Genom vrste T. castaneum sekvenciran je prije deset godina pristupom „shotgun“, no u sastavljenom dijelu genoma nedostaje 20% ukupne DNA primarno sastavljene od satelitnih sekvenca. U ovom radu genom vrste T. castaneum sekvenciran je tehnologijom sekvenciranja nove generacije (NGS) kako bi se pronašle dosad neotkrivene satelitne DNA. U analizi satelitoma korišten je bioinformatički alat TAREAN koji omogućava detekciju potencijalnih satelitnih sekvenca na temelju kratkih, neposloženih NGS sljedova. Bioinformatičkom analizom utvrđena su tri moguća satelita: TCst154, TCst266 i TCst309, koji nisu bili detektirani u prethodnim istraživanjima. Premda ova tri satelita čine mali udio u genomu (<0,5%), njihova uzastopno ponovljena organizacija uspješno je dokazana metodom Southern blot. Metodom fluorescencijske hibridizacije in situ također je određena njihova kromosomska lokalizacija. Kombinirajući bioinformatičke alate i eksperimentalne metode, ovim je istraživanjem potvrđena primjenjivost kratkih, neposloženih NGS sljedova u otkrivanju nisko zastupljenih satelita, a također je proširena i spoznaja o sadržaju satelitoma vrste T. castaneum.
Sažetak (engleski)
Satellite DNAs are tandemly repeated sequences spread in the heterochromatic regions of eukaryotic genomes, and are characterized by still poorly understood functional roles. The red flour beetle Tribolium castaneum is an excellent model organism that has been used in molecular studies for many decades. Its genome was sequenced ten years ago by shotgun approach; however, 20% of the genome is omitted from the current assembly due to the repetitive set-up based primarily on satellite DNAs. In this work, the T. castaneum genome was sequenced by Next Generation Sequencing (NGS) technology in order to detect yet unidentified satellite sequences. The satellitome was analyzed by the computational pipeline TAREAN, which enables detection of putative satellite DNAs from unassembled short reads. Bioinformatic analysis revealed three probable satellites: TCst154, TCst266 i TCst309 which were not detected in previous studies. Although these three satellite DNAs comprise small amount of the total genomic content (<0.5%), Southern blot method successfully confirmed their tandemly repeated organization. Fluorescence in situ hybridization also determined their chromosomal localization. By combining bioinformatic tools and experimental methods, this work has confirmed the applicability of short, unassembled NGS reads in detecting low-copy satellite DNAs, as well as broadened the knowledge on the content of the T. castaneum satellitome.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:217:938878
Studijski programNaziv: Molekularna biologija
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra molekularne biologije (mag. biol. mol.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Datum isteka embarga: 2020-09-24
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2018-10-30 13:16:44