Proteinske strukture dio su okosnice dosad poznatog biološkog svijeta, a njihove interakcije omogućuju niz procesa poput replikacije DNA, sinteze novih proteina i regulacije metaboličkih putova. Međusobni odnosi proteina iznimno su važni za razumijevanje funkcije i aktivnosti cijelog organizma te se poznate činjenice sabiru u karte protein-protein interakcija. Za proučavanje istih koriste se razne metode, a jedna od najznačajnijih koja je omogućila uvid u svijet na mikro- i nano-skali svakako je fluorescencijska mikroskopija. Fenomen neradijativnog transfera energije (engl. Förster resonance energy transfer, FRET) s pobuđenog fluorofora-donora na drugi fluorofor-akcptor opisan je 1946. godine. Fenomen se uskoro pokazao kao vrlo koristan način za kvantificiranje protein-protein interakcija u živim sustavima s pomoću fluorescencijskih mikroskopa. Ukoliko se mjeri trajanje fluorescencije donora (engl. flourescence lifetime imaging microscopy, FLIM) moguće je dobiti podatke za računalnu analizu. Iz dobivenih parametara saznaje se udaljenost i vrsta protein-protein interakcija. Podatci se implementiraju u računalni model sustava koji se kasnije koristi za postavljanje preciznijih hipoteza za eksperimente. Cijeli proces u ovom radu objašnjen je na primjeru prijenosa proteina i RNA kroz pore jezgrine ovojnice u eukariotskoj stanici.