prikaz prve stranice dokumenta Strukturna karakterizacija Nudix hidrolaze iz amebe Dictyostelium discoideum
  Preuzmi
PDF 1.61 MB
diplomski rad
Strukturna karakterizacija Nudix hidrolaze iz amebe Dictyostelium discoideum
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2018. urn:nbn:hr:217:322098
Vlašić, Ana
Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Kemijski odsjek

Institucijski repozitorij: Repozitorij Prirodoslovno-matematičkog fakulteta

Citirajte ovaj rad

Vlašić, A. (2018). Strukturna karakterizacija Nudix hidrolaze iz amebe Dictyostelium discoideum (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:322098

Vlašić, Ana. "Strukturna karakterizacija Nudix hidrolaze iz amebe Dictyostelium discoideum." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2018. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:322098

Vlašić, Ana. "Strukturna karakterizacija Nudix hidrolaze iz amebe Dictyostelium discoideum." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2018. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:322098

Vlašić, A. (2018). 'Strukturna karakterizacija Nudix hidrolaze iz amebe Dictyostelium discoideum', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, citirano: 09.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:322098

Vlašić A. Strukturna karakterizacija Nudix hidrolaze iz amebe Dictyostelium discoideum [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet; 2018 [pristupljeno 09.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:322098

A. Vlašić, "Strukturna karakterizacija Nudix hidrolaze iz amebe Dictyostelium discoideum", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb, 2018. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:322098

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:322098
Podaci o radu
NaslovStrukturna karakterizacija Nudix hidrolaze iz amebe Dictyostelium discoideum
Naslov (engleski)Structural characterization of Nudix hydrolase from the amoeba Dictyostelium discoideum
AutorAna Vlašić
MentorMarija Luić (mentor)
Član povjerenstvaDubravka Matković-Čalogović (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaMarija Luić (član povjerenstva)
Član povjerenstvaSanda Rončević (član povjerenstva)
Član povjerenstvaBiserka Prugovečki (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
(Kemijski odsjek)
Zagreb
Datum i država obrane2018-09-18, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		PRIRODNE ZNANOSTI
Kemija
Sažetak
Istraživanje biljnih dipeptidil-peptidaza III (DPP III) rezultiralo je neočekivanom spoznajom da postoji enzim s dvije funkcionalne domene (Nudix i DPP III), koji usto pokazuje i atipičnu aktivnost Nudix hidrolaza prema supstratu izopentenil-difosfatu (IPP). U svrhu strukturne karakterizacije Nudix domene ovog interesantnog enzima, a na temelju značajne sličnosti primarnih struktura, za istraživanje je odabrana Nudix hidrolaza iz amebe Dictyostelium discoideum (DdNudix). Nudix hidrolaze pripadaju nadporodici hidrolitičkih Mg2+-ovisnih enzima koji djeluju kao fosfataze ili pirofosfohidrolaze. Divlji tip i neaktivni mutant E82A DdNudix, obilježeni histidinskim privjescima, prekomjerno su eksprimirani u bakteriji Escherichia coli, te pročišćeni afinitetnom kromatografijom i gel filtracijom. Optimizirani su uvjeti kristalizacije proteina DdNudix. Metodom anomalnog raspršenja riješena je struktura divljeg tipa proteina obilježenog selenometioninom do razlučivanja od 2,4 Å. Metodom molekulske zamjene riješena je struktura mutanta proteina E82A sa supstratom IPP do razlučivanja od 1,6 Å. Detaljnom strukturnom analizom ustanovljene su sličnosti i razlike s Nudix hidrolazama kao i s izopentenil-difosfat-izomerazama.
Sažetak (engleski)
The investigation of plant dipeptidyl peptidase III (DPP III) lead to an unexpected discovery, the existence of an enzyme with dual function (Nudix and DPP III), which also shows the atypic Nudix hydrolase activity against the isopentenyl diphosphate (IPP) substrate. For the purpose of structural characterization of the Nudix domain of this interesting enzyme, and based on the significant similarity of primary structures, Nudix hydrolase from amoeba Dictyostelium discoideum (DdNudix) was selected for this study. Nudix hydrolases are members of superfamily of hydrolytic Mg2+-dependent enzymes acting as phosphatases or pyrophosphohydrates. The wild type and inactive E82A mutant DdNudix, labeled with histidine tags, were over-expressed in Escherichia coli bacteria and purified by affinity chromatography and gel filtration. The conditions for crystallization of DdNudix protein were optimized. Using anomalous scattering, the structure of the selenomethionine labeled wild-type protein was resolved up to the resolution of 2.4 Å. Structure of the protein mutant, E82A, in complex with IPP substrate was solved with the molecular replacement method up to the resolution of 1.6 Å. Detailed structural analysis revealed similarities and differences of Nudix hydrolases as well as isopentenyl diphosphate isomerases.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:217:322098
Studijski programNaziv: Kemija; smjerovi: istraživački
Smjer: istraživački
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra kemije (mag. chem.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Datum isteka embarga: 2020-09-18
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2018-11-22 13:08:29