prikaz prve stranice dokumenta Poravnanje proteinskih struktura
  Preuzmi
PDF 619.66 KB
diplomski rad
Poravnanje proteinskih struktura
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2014. urn:nbn:hr:217:806932
Kurolt, Ivana
Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Matematički odsjek

Institucijski repozitorij: Repozitorij Prirodoslovno-matematičkog fakulteta

Citirajte ovaj rad

Kurolt, I. (2014). Poravnanje proteinskih struktura (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:806932

Kurolt, Ivana. "Poravnanje proteinskih struktura." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2014. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:806932

Kurolt, Ivana. "Poravnanje proteinskih struktura." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2014. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:806932

Kurolt, I. (2014). 'Poravnanje proteinskih struktura', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, citirano: 23.12.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:806932

Kurolt I. Poravnanje proteinskih struktura [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet; 2014 [pristupljeno 23.12.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:806932

I. Kurolt, "Poravnanje proteinskih struktura", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb, 2014. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:806932

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:806932
Podaci o radu
NaslovPoravnanje proteinskih struktura
AutorIvana Kurolt
MentorPavle Goldstein (mentor)
Član povjerenstvaPavle Goldstein (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaIgor Pažanin (član povjerenstva)
Član povjerenstvaBoris Guljaš (član povjerenstva)
Član povjerenstvaDijana Ilišević (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
(Matematički odsjek)
Zagreb
Datum i država obrane2014-09-23, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		PRIRODNE ZNANOSTI
Matematika
Sažetak
U ovom radu opisan je jedan algoritam za poravnanje proteinske strukture različitih duljina. Na početku smo definirali matrice udaljenosti točaka za dvije proteinske strukture zasebno. Pomoću tih matrica smo napravili novu koja uspoređuje njihove vektore određene duljine (koju smo sami zadali parametrom wind) i govori koliko su bliski. Kako bismo odredili što je relativno blisko, uveli smo novi parametar (trash), te sve vrijednosti koje su manje od parametra postavili na 1, a ostale na 0. Nakon toga smo tražili uzastopne pozicije, koje u matrici imaju vrijednost 1, i koje zapravo predstavljaju točke iz dva skupa točaka sa početka. Pozicije najduljih nizova smo spremili u polje iz kojeg smo kasnije izbacivali one koji su najlošiji prema ostalima. Tim postupkom smo došli do pozicija u proteinima koje međusobno imaju najmanje udaljenosti iz kojih zaključujemo na kojim dijelovima se proteini podudaraju, odnosno na kojim dijelovima su poravnati.
Sažetak (engleski)
This paper describes an algorithm for protein structure alignment of different lengths. At the beginning, we define the matrix of distances between points for two protein structures separately. Using these matrices, we made a new one that compares their vectors of a certain length (which we have set with parameter wind) and tells us how close they are. To determine which is relatively close, we introduced a new parameter (trash), and all values that are less than the parameter set to 1, and the rest to 0. After that we were looking for consecutive positions, which in the matrix have a value 1, and that actually represent points from the two sets of points from the beginning. Positions of longest strings are stored in the field, from which we later evicted those who are worst to others. With this process, we come to positions in proteins that have the least distance from each other. From that, we conclude what parts of the proteins coincide, ie which parts are aligned.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:217:806932
Studijski programNaziv: Primijenjena matematika
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra matematike (mag. math.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2019-02-21 12:58:21