prikaz prve stranice dokumenta Iterativno traženje motiva i vreća fraza u genomu i proteomu
  Preuzmi
PDF 464.27 KB
diplomski rad
Iterativno traženje motiva i vreća fraza u genomu i proteomu
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2018. urn:nbn:hr:217:357042
Čavka, Anamarija
Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Matematički odsjek

Institucijski repozitorij: Repozitorij Prirodoslovno-matematičkog fakulteta

Citirajte ovaj rad

Čavka, A. (2018). Iterativno traženje motiva i vreća fraza u genomu i proteomu (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:357042

Čavka, Anamarija. "Iterativno traženje motiva i vreća fraza u genomu i proteomu." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2018. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:357042

Čavka, Anamarija. "Iterativno traženje motiva i vreća fraza u genomu i proteomu." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2018. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:357042

Čavka, A. (2018). 'Iterativno traženje motiva i vreća fraza u genomu i proteomu', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, citirano: 23.12.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:357042

Čavka A. Iterativno traženje motiva i vreća fraza u genomu i proteomu [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet; 2018 [pristupljeno 23.12.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:357042

A. Čavka, "Iterativno traženje motiva i vreća fraza u genomu i proteomu", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb, 2018. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:357042

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:357042
Podaci o radu
NaslovIterativno traženje motiva i vreća fraza u genomu i proteomu
AutorAnamarija Čavka
MentorPavle Goldstein (mentor)
Član povjerenstvaPavle Goldstein (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaDamir Bakić (član povjerenstva)
Član povjerenstvaBoris Guljaš (član povjerenstva)
Član povjerenstvaEduard Marušić-Paloka (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
(Matematički odsjek)
Zagreb
Datum i država obrane2018-11-28, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		PRIRODNE ZNANOSTI
Matematika
Sažetak
Cilj ovog diplomskog rada bio je testirati algoritam iterativnog pretraživanja te analizirati rezultate ovisno o parametrima. Također, važno je bilo usporediti te rezultate s rezultatima sličnog algoritma na analognom problemu. Za analizu smo odabrali genom i proteom krumpira te proteinsku familiju GDSL lipaza krumpira. Na tim nizovima genoma proveli smo postupak traženja specifičnog motiva proteinske familije GDSL lipaza krumpira kojeg smo prethodno preveli u alfabet genoma. Cilj je bio identificirati sve one nizove na genomu koji kodiraju proteinsku familiju GDSL lipaza. Analizirali smo naše rezultate te ih usporedili s rezultatima na proteomu. Zaključili smo kako je ponašanje na našem primjeru poprilično loše. Međutim, postoje indicije kako algoritam sam po sebi nije problem. Problem vjerojatno leži u nedostatku konzistentne anotacije na biološkim nizovima, različitim biološkim procesima zbog kojih naše aproksimacije unose prevelik kaos te u većoj varijabilnosti na genomu naspram proteoma.
Sažetak (engleski)
This thesis is concerned with an iterative search algorithm and the analysis of its results with respect to various choices of parameters. Furthermore, it was important to compare these results with results of a similar algorithm on an analogous problem. For the analysis, we chose the potato genome and proteome and the GDSL lipase protein family. We applied the iterative search algorithm on genome sequences in order to find the specific motif of the GDSL lipase protein family which was translated to the alphabet of the genome earlier in the thesis. The goal was to identify all those genome sequences which code the potato’s GDSL lipase protein family. Finally, we analyzed our results in comparison to those obtained by proteome analysis. We concluded that the results were rather poor. However, there are indications that the algorithm itself is not as problematic as the results would imply. It is likely that the problem lies in the lack of consistent annotation of biological sequences, different biological processes due to which our approximations create far too much chaos, and in the greater variability of the genome when compared to proteom.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:217:357042
Studijski programNaziv: Matematička statistika
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra matematike (mag. math.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2019-03-27 13:28:59