prikaz prve stranice dokumenta Simulacije molekulske dinamike kompleksa ljudske dipeptidil-peptidaze III s inhibitorima
  Preuzmi
PDF 3.32 MB
diplomski rad
Simulacije molekulske dinamike kompleksa ljudske dipeptidil-peptidaze III s inhibitorima
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2016. urn:nbn:hr:217:692350
Tir, Nora
Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Kemijski odsjek

Institucijski repozitorij: Repozitorij Prirodoslovno-matematičkog fakulteta

Citirajte ovaj rad

Tir, N. (2016). Simulacije molekulske dinamike kompleksa ljudske dipeptidil-peptidaze III s inhibitorima (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:692350

Tir, Nora. "Simulacije molekulske dinamike kompleksa ljudske dipeptidil-peptidaze III s inhibitorima." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2016. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:692350

Tir, Nora. "Simulacije molekulske dinamike kompleksa ljudske dipeptidil-peptidaze III s inhibitorima." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2016. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:692350

Tir, N. (2016). 'Simulacije molekulske dinamike kompleksa ljudske dipeptidil-peptidaze III s inhibitorima', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, citirano: 05.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:692350

Tir N. Simulacije molekulske dinamike kompleksa ljudske dipeptidil-peptidaze III s inhibitorima [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet; 2016 [pristupljeno 05.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:692350

N. Tir, "Simulacije molekulske dinamike kompleksa ljudske dipeptidil-peptidaze III s inhibitorima", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb, 2016. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:692350

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:692350
Podaci o radu
NaslovSimulacije molekulske dinamike kompleksa ljudske dipeptidil-peptidaze III s inhibitorima
Naslov (engleski)Molecular dynamics simulations of complexes of human dipeptidyl peptidase III with inhibitors
AutorNora Tir
MentorMarko Močibob (mentor)
MentorSanja Tomić (mentor)
Član povjerenstvaMarko Močibob (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaSanja Tomić (član povjerenstva)
Član povjerenstvaZlatko Mihalić (član povjerenstva)
Član povjerenstvaIvica Đilović (član povjerenstva)
Član povjerenstvaJosip Požar (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
(Kemijski odsjek)
Zagreb
Datum i država obrane2016-06-20, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		PRIRODNE ZNANOSTI
Kemija
Sažetak
Dipeptidil-peptidaza III (DPP III) je o cinku ovisna peptidaza koja katalizira hidrolizu druge peptidne veze s N-kraja svojih supstrata. Enzim je široke supstratne specifičnosti, nepoznate osnovne fiziološke uloge, široke zastupljenosti među organizmima te prepoznatih uloga u procesima od interesa za razvoj lijekova. U ovom radu provedene su simulacije molekulske dinamike kompleksa ljudske DPP III s dvama inhibitorima za koje su poznati postotci inhibicije u odnosu na sintetski supstrat Arg-Arg-2-naftilamid. Za simulacije su korištene dvije konformacije enzima različite kompaktnosti kako bi se, računima slobodne energije vezanja, utvrdilo koja je povoljnija za vezanje liganda i upoznale interakcije liganda s aminokiselinskim ostatcima te cinkovim ionom u aktivnom mjestu. Dobiveni rezultati mogli bi poslužiti u daljnjem razvoju i testiranju potencijalnih inhibitora ovog enzima.
Sažetak (engleski)
Dipeptidyl peptidase III (DPP III) is a zinc dependent peptidase which catalyses hydrolysis of the second N-terminal peptide bond of its substrates. DPP III is an enzyme of broad substrate specificity and it has been found in many organisms. Although its fundamental physiological role is unknown, it has been recognised in several processes of interest for the drug development. In this thesis, molecular dynamic simulations were done for the complexes of human DPP III with two inhibitors for which the percentages of inhibition have been measured for the Arg-Arg-2-naphthylamide synthetic substrate hydrolysis. Two enzyme conformations of different compactness were used for the simulations. Subsequently, the binding free energies were calculated in order to find out which one is more favorable for ligand binding and to obtain an insight into the ligand-protein interactions. The obtained results might be useful in future development and testing of potential inhibitors of this enzyme.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:217:692350
Studijski programNaziv: Kemija; smjerovi: istraživački
Smjer: istraživački
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra kemije (mag. chem.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2017-01-27 10:57:17