prikaz prve stranice dokumenta Iterativno traženje motiva i nekodirajuća DNA
  Preuzmi
PDF 352.66 KB
diplomski rad
Iterativno traženje motiva i nekodirajuća DNA
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2019. urn:nbn:hr:217:583314
Berko, Antonia
Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Matematički odsjek

Institucijski repozitorij: Repozitorij Prirodoslovno-matematičkog fakulteta

Citirajte ovaj rad

Berko, A. (2019). Iterativno traženje motiva i nekodirajuća DNA (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:583314

Berko, Antonia. "Iterativno traženje motiva i nekodirajuća DNA." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2019. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:583314

Berko, Antonia. "Iterativno traženje motiva i nekodirajuća DNA." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2019. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:583314

Berko, A. (2019). 'Iterativno traženje motiva i nekodirajuća DNA', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, citirano: 12.06.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:583314

Berko A. Iterativno traženje motiva i nekodirajuća DNA [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet; 2019 [pristupljeno 12.06.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:583314

A. Berko, "Iterativno traženje motiva i nekodirajuća DNA", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb, 2019. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:583314

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:583314
Podaci o radu
NaslovIterativno traženje motiva i nekodirajuća DNA
AutorAntonia Berko
MentorPavle Goldstein (mentor)
Član povjerenstvaPavle Goldstein (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaJuraj Šiftar (član povjerenstva)
Član povjerenstvaDijana Ilišević (član povjerenstva)
Član povjerenstvaBoris Guljaš (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
(Matematički odsjek)
Zagreb
Datum i država obrane2019-02-28, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		PRIRODNE ZNANOSTI
Matematika
Sažetak
Iterativnom pretragom, uz pomoć upita, na proteomu tražimo proteine iz određene klase, nazivamo ih biološki značajnim proteinima. Odgovor na dani upit može se dobiti raznim iterativnim pretraživačima te on može i ne mora sadržavati biološki značajne proteine. U ovom radu analiziramo tehniku poboljšanja točnosti iterativnog pretraživanja. Točnost mjerimo statističkom mjerom F1 score, a tehnika se naziva metoda centralnog elementa. Odgovor na dani upit promatramo kao Markovljev proces na konačnom skupu. Koristeći rezultate iz Markovljevih lanaca pronalazimo težište, centar, odgovora. Postupak iterativne pretrage ponovimo sa centralnim elementom te usporedimo statističke mjere točnosti testa prije i nakon korištenja metode. Tehnika se provodi za različite upite, na proteomima četiri različite biljke - talijin uročnjak, rajčica, krumpir i azijska riža. Nakon analize rezultata za sve kombinacije upita, biljaka i iterativnih pretraživača, dolazimo do zaključka da našom tehnikom poboljšavamo točnost pretrage, a negdje i bitno poboljšavamo.
Sažetak (engleski)
Motif scanning is a very important part of bioinformatics. In this work, we are concerned with improving accuracy of certain iterative scanning tools. The method that we propose - a Central Element Method - is based on interpreting the response to a query as a finite Markov process, and results from Markov chain theory are used to obtain the center. The iterative search process is then repeated with the central element, and the statistical measures of test accuracy before and after are compared. The accuracy is measured by F1 score. The method is applied for various queries, on proteomes of four different plants – thale cress, tomato, potato and Asian rice. It turns out that this technique improves search accuracy and, in some instances, improves it significantly.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:217:583314
Studijski programNaziv: Matematička statistika
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra matematike (mag. math.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2019-07-10 11:01:41