prikaz prve stranice dokumenta Mehanizmi interakcija ljudskog albumina i kaprilne kiseline in silico
  Preuzmi
PDF 1.99 MB
diplomski rad
Mehanizmi interakcija ljudskog albumina i kaprilne kiseline in silico
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2020. urn:nbn:hr:217:387658
Srezović Bijelić, Bruno
Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Biološki odsjek

Institucijski repozitorij: Repozitorij Prirodoslovno-matematičkog fakulteta

Citirajte ovaj rad

Srezović Bijelić, B. (2020). Mehanizmi interakcija ljudskog albumina i kaprilne kiseline in silico (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:387658

Srezović Bijelić, Bruno. "Mehanizmi interakcija ljudskog albumina i kaprilne kiseline in silico." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2020. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:387658

Srezović Bijelić, Bruno. "Mehanizmi interakcija ljudskog albumina i kaprilne kiseline in silico." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2020. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:387658

Srezović Bijelić, B. (2020). 'Mehanizmi interakcija ljudskog albumina i kaprilne kiseline in silico', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, citirano: 22.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:387658

Srezović Bijelić B. Mehanizmi interakcija ljudskog albumina i kaprilne kiseline in silico [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet; 2020 [pristupljeno 22.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:387658

B. Srezović Bijelić, "Mehanizmi interakcija ljudskog albumina i kaprilne kiseline in silico", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb, 2020. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:387658

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:387658
Podaci o radu
NaslovMehanizmi interakcija ljudskog albumina i kaprilne kiseline in silico
Naslov (engleski)In silico mechanisms of human albumins and caprylic acid interactions
AutorBruno Srezović Bijelić
MentorBranimir Bertoša (mentor)
Član povjerenstvaBranimir Bertoša (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaMartina Šeruga Musić (član povjerenstva)
Član povjerenstvaKristian Vlahoviček (član povjerenstva)
Član povjerenstvaIvana Ivančić Baće (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
(Biološki odsjek)
Zagreb
Datum i država obrane2020-06-16, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		PRIRODNE ZNANOSTI
Biologija
Sažetak
Taloženje kaprilnom kiselinom jedna je od metoda za uklanjanje nečistoća iz serumskih otopina. Naime, primijećeno je svojstvo kaprilne kiseline da pri određenim koncentracijama taloži albumin, dok imunoglobulini ostaju u otopini. Dosadašnja istraživanja ukazuju da dolazi do izravne interakcije između albumina i kaprilne kiseline u otopini, no mehanizam interakcije nije razjašnjen. Postojeći eksperimentalni podaci pokazuju da ova interakcija ima izraženu ovisnost o pH vrijednosti otopine. Cilj ovog diplomskog rada jest razjasniti mehanizam interakcije između kaprilne kiseline i ljudskog albumina koristeći računalne simulacije, u prvom redu simulacije molekularne dinamike. Korištenjem dostupnih kristalnih struktura ljudskog albumina izgrađeni su in slico modeli albumina i kaprilne kiseline na kojima su provedene simulacije molekularne dinamike. Simulacije su provedene na dvije pH vrijednosti, s protoniranim i deprotoniranim oblikom kaprilne kiseline, kako bi se razjasnili eksperimentalni podaci koji ukazuju na različite interakcije albumina i kaprilne kiseline pri različitim pH vrijednostima. Analizom rezultata simulacija istražene su nekovalentne interakcije u sustavima pri različitim pH vrijednostima otopine i njihov utjecaj na stabilnost albumina u prisutnosti kaprilne kiseline.
Sažetak (engleski)
Protein precipitation mediated by caprylic acid is one of the methods used for removing impurities from serum. It was observed that certain concentrations of caprylic acid can cause precipitation of albumin while immunoglobulins remain dissolved. Although previous research points towards direct interactions occurring between albumin and caprylic acid in solution, the interaction mechanism has not been clarified. Existing experimental data indicate that this interaction has a pronounced pH dependence. The goal of this graduate thesis is to elucidate the molecular mechanism of interaction between caprylic acid and human albumin using computational simulations, particularly molecular dynamics simulations. Starting from the crystal structures of human albumin, in silico models of albumin and caprylic acid were prepared and subjected to molecular dynamics simulations. Simulations were conducted at two pH, using both protonated and deprotonated forms of caprylic acid. Analysis of simulations provided insight into dominant non-covalent interactions between the species in the systems at different pH values of the solution and their effect on the stability of albumin.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:217:387658
Studijski programNaziv: Molekularna biologija
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra molekularne biologije (mag. biol. mol.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2020-07-13 06:29:00