prikaz prve stranice dokumenta Računalna analiza retrotranspozona MT kod sojeva miševa C57BL/6J i PWK/PHJ
  Preuzmi
PDF 2.56 MB
diplomski rad
Računalna analiza retrotranspozona MT kod sojeva miševa C57BL/6J i PWK/PHJ
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2020. urn:nbn:hr:217:579531
Štancl, Paula
Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Biološki odsjek

Institucijski repozitorij: Repozitorij Prirodoslovno-matematičkog fakulteta

Citirajte ovaj rad

Štancl, P. (2020). Računalna analiza retrotranspozona MT kod sojeva miševa C57BL/6J i PWK/PHJ (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:579531

Štancl, Paula. "Računalna analiza retrotranspozona MT kod sojeva miševa C57BL/6J i PWK/PHJ." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2020. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:579531

Štancl, Paula. "Računalna analiza retrotranspozona MT kod sojeva miševa C57BL/6J i PWK/PHJ." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2020. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:579531

Štancl, P. (2020). 'Računalna analiza retrotranspozona MT kod sojeva miševa C57BL/6J i PWK/PHJ', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, citirano: 22.12.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:579531

Štancl P. Računalna analiza retrotranspozona MT kod sojeva miševa C57BL/6J i PWK/PHJ [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet; 2020 [pristupljeno 22.12.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:579531

P. Štancl, "Računalna analiza retrotranspozona MT kod sojeva miševa C57BL/6J i PWK/PHJ", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb, 2020. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:579531

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:579531
Podaci o radu
NaslovRačunalna analiza retrotranspozona MT kod sojeva miševa C57BL/6J i PWK/PHJ
Naslov (engleski)Computational analysis of MT retrotransposons in mouse strains C57BL/6J and PWK/Phj
AutorPaula Štancl
MentorKristian Vlahoviček (mentor)
Član povjerenstvaKristian Vlahoviček (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaDamjan Franjević (član povjerenstva)
Član povjerenstvaDuje Lisičić (član povjerenstva)
Član povjerenstvaRosa Karlić (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
(Biološki odsjek)
Zagreb
Datum i država obrane2020-07-16, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		PRIRODNE ZNANOSTI
Biologija
Sažetak
Retrotranspozoni MT pripadaju klasi LTR retrotranspozona, specifičnih za glodavce. Cjeloviti MT elementi sadrže dva duga terminalna ponavljanja (engl. long terminal repeat, LTR) i internu sekvencu. Zbog ektopične rekombinacije, izrezuje se interna sekvenca cjelovitog MT elementa stvarajući samostalni LTR. Standardna anotacija retrotranspozona radi se programom RepeatMasker, čiji je glavni nedostatak precizna anotacija cjelovitih elemenata. Cilj ovog diplomskog rada bio je poboljšati već postojeću anotaciju cjelovitih MT elemenata dobivenih upotrebom programa RepeatMasker i identificirati homologne MT elemente između klasičnog C57BL/6J i divljeg PWK/PhJ mišjeg soja. Razvijena računalna metoda anotacije cjelovitih MT elemenata usredotočena je na filtriranje njihovih očuvanih duljina LTR-ova i rezultirala je većim brojem anotiranih cjelovitih MT elemenata u C57BL/6J genomu za razliku od PWK/PhJ genoma. Filogenetski mlađi i jedini aktivni cjeloviti MT elementi, MTA i MTB, imali su više novih specifičnih elemenata kod C57BL/6J soja, koji su se pojavili nakon razdvajanja sojeva, dok su stariji MT elementi očuvani među mišjim sojevima. Integracije očuvanih i specifičnih MT elemenata kod sojeva većinom su u intronima protein-kodirajućih gena. Identificirani novi specifični elementi C57BL/6J soja integrirani su u egzone gena olfaktornih receptora te mogu pridonijeti fenotipskim razlikama između mišjih sojeva C57BL/6J i PWK/PhJ.
Sažetak (engleski)
Rodent-specific MT retrotransposons belong to a class of LTR retrotransposons. Full-length MT elements contain two long terminal repeats (LTRs) and an internal sequence. Due to ectopic recombination, the internal sequence of full-length MT elements is excised producing a solo LTR. The standard annotation of retrotransposons is done with RepeatMasker program which one of the major drawbacks is the precise annotation of full-length elements. The goal of this thesis was to improve the RepeatMasker annotation of MT elements and to identify homologous between a classical mouse strain C57BL/6J and a wild-derived mouse strain PWK/PhJ. The developed computational method focuses on the conserved length of their LTRs and has resulted in a larger number of annotated full-length MT elements in in the mouse strain C57BL/6J. Phylogenetically younger and still active annotated full-length MT elements, MTA and MTB, had more new C57BL/6J-strains specific elements that have emerged after the separations of the strains. On the other hand, older MT elements were more conserved among strains. Conserved and strain-specific MT element integrations into genes mostly occurred in introns of protein-coding genes. Identified new C57BL/6J-strains specific elements integrated into exons of olfactory receptor genes, may contribute to phenotypic differences between mouse strains C57BL/6J and PWK/PhJ.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:217:579531
Studijski programNaziv: Molekularna biologija
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra molekularne biologije (mag. biol. mol.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2020-07-23 12:06:32