prikaz prve stranice dokumenta Uloga enzima RecBCD i drugih nukleaza u CRISPR-Cas naivnoj adaptaciji u bakteriji Escherichia coli
  Preuzmi
PDF 3.23 MB
disertacija
Uloga enzima RecBCD i drugih nukleaza u CRISPR-Cas naivnoj adaptaciji u bakteriji Escherichia coli
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2021. urn:nbn:hr:217:909855
Radovčić, Marin
Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Biološki odsjek

Institucijski repozitorij: Repozitorij Prirodoslovno-matematičkog fakulteta

Citirajte ovaj rad

Radovčić, M. (2021). Uloga enzima RecBCD i drugih nukleaza u CRISPR-Cas naivnoj adaptaciji u bakteriji Escherichia coli (Disertacija). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:909855

Radovčić, Marin. "Uloga enzima RecBCD i drugih nukleaza u CRISPR-Cas naivnoj adaptaciji u bakteriji Escherichia coli." Disertacija, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2021. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:909855

Radovčić, Marin. "Uloga enzima RecBCD i drugih nukleaza u CRISPR-Cas naivnoj adaptaciji u bakteriji Escherichia coli." Disertacija, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2021. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:909855

Radovčić, M. (2021). 'Uloga enzima RecBCD i drugih nukleaza u CRISPR-Cas naivnoj adaptaciji u bakteriji Escherichia coli', Disertacija, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, citirano: 25.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:909855

Radovčić M. Uloga enzima RecBCD i drugih nukleaza u CRISPR-Cas naivnoj adaptaciji u bakteriji Escherichia coli [Disertacija]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet; 2021 [pristupljeno 25.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:909855

M. Radovčić, "Uloga enzima RecBCD i drugih nukleaza u CRISPR-Cas naivnoj adaptaciji u bakteriji Escherichia coli", Disertacija, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb, 2021. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:909855

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:909855
Podaci o radu
NaslovUloga enzima RecBCD i drugih nukleaza u CRISPR-Cas naivnoj adaptaciji u bakteriji Escherichia coli
Naslov (engleski)The role of RecBCD enzyme and other nucleases in Escherichia coli CRISPR-Cas naïve adaptation
AutorMarin Radovčić
MentorIvana Ivančić Baće (mentor)
Član povjerenstvaDijana Škorić (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaDavor Zahradka (član povjerenstva)
Član povjerenstvaDušica Vujaklija (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
(Biološki odsjek)
Zagreb
Datum i država obrane2021-03-01, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		PRIRODNE ZNANOSTI
Biologija
Univerzalna decimalna klasifikacija
(UDC)		577 - Biokemija. Molekularna biologija. Biofizika
Sažetak
Sustav CRISPR-Cas je obrambeni mehanizam bakterija od stranih genetičkih elemenata. Za pružanje zaštite je neophodna ugradnja fragmenta strane molekule DNA (razmaknice) u lokus CRISPR. Ugradnja nove razmaknice se naziva naivnom adaptacijom, a za ugradnju je neophodan proteinski kompleks Cas1-Cas2. Nije poznato kako nastaju fragmenti za ugradnju, no smatra se da bitnu ulogu ima nukleazna aktivnost enzima RecBCD. U ovom radu je detaljnije istražena uloga enzima RecBCD i drugih egzonukleaza u naivnoj adaptaciji. Praćenjem učinkovitosti adaptacije in vivo u sojevima E. coli mutiranim za istraživane gene je pokazano da nukleazna aktivnost enzima RecBCD nije neophodna, već samo helikazna, te da nastajanje 5'-stršećih krajeva DNA pomoću egzonukleaza pomaže adaptaciju. Utvrđeno je in vitro da kompleks Cas1-Cas2 može cijepati DNA s 5'-stršećim krajevima, a sekvenciranjem je utvrđeno da većina ugrađenih razmaknica potječe s kromosoma. Rezultati potvrđuju ulogu enzima RecBCD u stvaranju fragmenata DNA, a sam proces adaptacije ne utječe na vijabilnost.
Sažetak (engleski)
CRISPR-Cas system is a bacterial defence mechanism against foreign genetic elements based on insertion of foreign DNA fragments (spacers) into the CRISPR array. Acquisition of new spacers is called naïve adaptation and is catalysed by Cas1-Cas2 protein complex. It is unknown how fragments for insertion are generated, but it is believed that the nuclease activity of RecBCD enzyme plays an important role. The aim of this research was to further elucidate the role of RecBCD and other exonucleases in naïve adaptation in E. coli. In vivo adaptation efficiency measurements showed that the helicase activity of RecBCD is essential and that generation of 5' overhangs by host exonucleases promotes adaptation. Cas1-Cas2 complex cleaved DNA with 5' overhangs in vitro and sequencing analysis showed that the majority of new spacers were of chromosomal origin. Overall, results confirm RecBCD's involvement in naïve adaptation with no detrimental effects on host viability.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:217:909855
Datum promocije2021
Studijski programNaziv: Biologija
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: poslijediplomski doktorski
Akademski / stručni naziv: doktor/doktorica znanosti, područje prirodnih znanosti, polje biologija (dr.sc.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2021-03-16 13:29:04