prikaz prve stranice dokumenta De Bruijnovi grafovi i primjene u bioinformatici
Pristup korisnicima matične ustanove
diplomski rad
De Bruijnovi grafovi i primjene u bioinformatici
Split: Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2020. urn:nbn:hr:166:010434
Vučak, Ana
Sveučilište u Splitu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Odjel za matematiku

Institucijski repozitorij: repozitorij.pmfst.unist.hr

Citirajte ovaj rad

Vučak, A. (2020). De Bruijnovi grafovi i primjene u bioinformatici (Diplomski rad). Split: Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:010434

Vučak, Ana. "De Bruijnovi grafovi i primjene u bioinformatici." Diplomski rad, Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2020. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:010434

Vučak, Ana. "De Bruijnovi grafovi i primjene u bioinformatici." Diplomski rad, Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2020. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:010434

Vučak, A. (2020). 'De Bruijnovi grafovi i primjene u bioinformatici', Diplomski rad, Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet, citirano: 02.12.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:010434

Vučak A. De Bruijnovi grafovi i primjene u bioinformatici [Diplomski rad]. Split: Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet; 2020 [pristupljeno 02.12.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:010434

A. Vučak, "De Bruijnovi grafovi i primjene u bioinformatici", Diplomski rad, Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Split, 2020. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:010434

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:010434
Podaci o radu
NaslovDe Bruijnovi grafovi i primjene u bioinformatici
Naslov (engleski)De Bruijn Graphs and their applications in bioinformatics
AutorAna Vučak
MentorIvo Ugrina (mentor)
Član povjerenstvaIvo Ugrina (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaJurica Perić (član povjerenstva)
Član povjerenstvaMilica Klaričić Bakula (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Splitu
Prirodoslovno-matematički fakultet
(Odjel za matematiku)
Split
Datum i država obrane2020-09-11, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		PRIRODNE ZNANOSTI
Matematika
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		BIOTEHNIČKE ZNANOSTI
Biotehnologija
Bioinformatika
Sažetak
Sekvenciranje DNK, odnosno određivanje poretka nukleotida u genomu, ima važne primjene, kao što su proučavanje utjecaja lijekova i podložnosti bolestima. Tehnologijom koja je danas dostupna nije moguće sekvencirati cijeli genom, nego dobivamo podnizove od kojih ga na različite načine rekonstruiramo. Često korišten pristup su de Bruijnovi grafovi, vrsta usmjerenih grafova koje je uveo matematičar Nicolaas de Bruijn. Koristeći dobivene podnizove genoma jednakih duljina konstruiramo de Bruijnov graf, a da bi odredili njihov poredak tražimo Eulerovu stazu. U ovom radu proučena su neka svojstva tih grafova, istaknute su njihove prednosti i mane pri rješavanju problema rekonstrukcije DNK i dan je jednostavan primjer njihove primjene u programskom jeziku Python.
Sažetak (engleski)
DNA sequencing, or the determination of the nucleotide order in the genome, has important applications, such as the study of drug effects and susceptibility to disease. With the technology available today, it is not possible to sequence the entire genome, but we obtain subsequences from which we reconstruct it in various ways. A commonly used approach are de Bruijn graphs, a type of directed graphs introduced by the mathematician Nicolaas de Bruijn. Using the obtained genome subsequences of equal lengths, we construct a de Bruiijn graph, and search for an Eulerian trail to determine their order. In this paper, some properties of these graphs are presented, their advantages and disadvantages in solving the problem of DNA reconstruction are highlighted, and a simple example of their application in the Python programming language is given.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:166:010434
Studijski programNaziv: Matematika; smjerovi: teorijski, računarski, nastavnički, statistika i računarstvo
Smjer: računarski
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra matematike (mag. math.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaPristup korisnicima matične ustanove
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2021-02-03 11:11:20