prikaz prve stranice dokumenta Synthesis, structural studies, molecular modeling and characterization of helminth antimicrobial peptides
  Preuzmi
PDF 2.52 MB
diplomski rad
Synthesis, structural studies, molecular modeling and characterization of helminth antimicrobial peptides
Split: Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2022. urn:nbn:hr:166:228687
Čopac, Roko
Sveučilište u Splitu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Odjel za fiziku

Institucijski repozitorij: repozitorij.pmfst.unist.hr

Citirajte ovaj rad

Čopac, R. (2022). Synthesis, structural studies, molecular modeling and characterization of helminth antimicrobial peptides (Diplomski rad). Split: Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:228687

Čopac, Roko. "Synthesis, structural studies, molecular modeling and characterization of helminth antimicrobial peptides." Diplomski rad, Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2022. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:228687

Čopac, Roko. "Synthesis, structural studies, molecular modeling and characterization of helminth antimicrobial peptides." Diplomski rad, Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2022. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:228687

Čopac, R. (2022). 'Synthesis, structural studies, molecular modeling and characterization of helminth antimicrobial peptides', Diplomski rad, Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet, citirano: 15.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:228687

Čopac R. Synthesis, structural studies, molecular modeling and characterization of helminth antimicrobial peptides [Diplomski rad]. Split: Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet; 2022 [pristupljeno 15.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:228687

R. Čopac, "Synthesis, structural studies, molecular modeling and characterization of helminth antimicrobial peptides", Diplomski rad, Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Split, 2022. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:228687

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:228687
Podaci o radu
NaslovSynthesis, structural studies, molecular modeling and characterization of helminth antimicrobial peptides
Naslov (hrvatski)Sinteza,strukturne studije, molekularno modeliranje i karakterizacija antimikrobnih peptida u plošnjaka
AutorRoko Čopac
MentorLarisa Zoranić (mentor)
MentorTomislav Rončević (pomoć pri izradi, neposredni voditelj)
MentorAndrea Caporale https://orcid.org/0000-0002-7827-3960 (pomoć pri izradi, neposredni voditelj)
MentorSabrina Pacor https://orcid.org/0000-0001-8043-6725 (pomoć pri izradi, neposredni voditelj)
Član povjerenstvaLarisa Zoranić (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaTomislav Rončević (član povjerenstva)
Član povjerenstvaŽeljka Sanader Maršić (član povjerenstva)
Član povjerenstvaLucija Krce (član povjerenstva)
Član povjerenstvaIvica Šamanić (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Splitu
Prirodoslovno-matematički fakultet
(Odjel za fiziku)
Split
Datum i država obrane2022-03-18, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		PRIRODNE ZNANOSTI
Fizika
Biofizika i medicinska fizika
Sažetak
Antimicrobial resistance, which can be partially attributed to irresponsible and improper use of antibiotics, remains a major concern worldwide in recent decades. One of the potential alternatives to classical antibiotic treatment are antimicrobial peptides (AMPs) - structurally different (macro)molecules with direct antimicrobial and/or immunomodulatory properties. Helminths, a group of parasitic organisms, successfully co-exist in bacteria-rich surroundings during their life cycle, and among the possible mechanisms of defense of these organisms are likely be AMPs. By exploring the genomes of several helminth species, 31 AMPs were obtained, after which a bioinformatics analysis was performed and 3 were selected for further characterization. Moreover, several N- and C-terminal fragments of a peptide identified in Taenia solium were synthesized to conduct structure-activity studies. All selected peptides, as well as the fragments, were characterized by structural, antimicrobial, and cytotoxic tests, and modeled by molecular dynamics simulations. Most of the peptides showed broad-spectrum antimicrobial activity, with (mostly) acceptable levels of toxicity, which warrants further mode-of-action studies, and development for possible biomedical applications.
Sažetak (hrvatski)
Rezistencija bakterija na antibiotike, za koju je djelomično zaslužna neodgovorna i pretjerana uporaba, gorući je problem diljem svijeta u zadnjim desetljećima. Kao potencijalna alternativa klasičnim antibioticima nameću se antimikrobni peptidi (AMP), strukturno različite makromolekule koje imaju direktnu antimikrobnu i/ili imunomodulatornu aktivnost. Plošnjaci, skupina nametničkih organizma, uspješno ko-egzistira u okolini (najčešće) bogatoj bakterijama, a jedan od mogućih mehanizama obrane ovih organizama su AMP-i. Analizom genoma većeg broja plošnjaka, identificirali smo 31 AMP, te nakon detaljne bioinformatičke analize odabrali tri peptida za daljine istraživanje. Istovremeno, u cilju ispitivanja utjecaja pojedinih segmenata peptidne sekvence na aktivnost i mehanizam djelovanja, sintetizirani su N- i C-fragmenti peptida identificiranog u Taenia solium. Svi odabrani peptidi, kao i fragmenti, karakterizirani su putem strukturalnih, antimikrobnih i citotoksičnih ispitivanja, te istraženi na molekularnoj razini korištenjem simulacija molekularne dinamike. Većina peptidi pokazuje antimikrobnu aktivnost širokog spektra, dok je toksičnost često u prihvatljivim okvirima, što otvara vrata daljnjim ispitivanjima mehanizama djelovanja, kao i potencijalnoj biomedicinskoj uporabi.
Ključne riječi
Ključne riječi (hrvatski)
Jezikengleski
URN:NBNurn:nbn:hr:166:228687
Studijski programNaziv: Fizika; smjerovi: Nastavnički, Astrofizika, Biofizika, Fizika okoliša, Računarska fizika, Astrofizika i fizika elementarnih čestica
Smjer: Biofizika
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra fizike (mag. phys.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Datum isteka embarga: 2024-03-18
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2022-03-24 13:16:25