prikaz prve stranice dokumenta The role of specific structural motifs in mode of action of antimicrobial peptide TSO8 from Taenia solium
  Preuzmi
PDF 6.06 MB
diplomski rad
The role of specific structural motifs in mode of action of antimicrobial peptide TSO8 from Taenia solium
Split: Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2024. urn:nbn:hr:166:877803
Begić, Anamarija
Sveučilište u Splitu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Odjel za fiziku

Institucijski repozitorij: repozitorij.pmfst.unist.hr

Citirajte ovaj rad

Begić, A. (2024). The role of specific structural motifs in mode of action of antimicrobial peptide TSO8 from Taenia solium (Diplomski rad). Split: Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:877803

Begić, Anamarija. "The role of specific structural motifs in mode of action of antimicrobial peptide TSO8 from Taenia solium." Diplomski rad, Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2024. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:877803

Begić, Anamarija. "The role of specific structural motifs in mode of action of antimicrobial peptide TSO8 from Taenia solium." Diplomski rad, Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2024. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:877803

Begić, A. (2024). 'The role of specific structural motifs in mode of action of antimicrobial peptide TSO8 from Taenia solium', Diplomski rad, Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet, citirano: 20.12.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:877803

Begić A. The role of specific structural motifs in mode of action of antimicrobial peptide TSO8 from Taenia solium [Diplomski rad]. Split: Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet; 2024 [pristupljeno 20.12.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:877803

A. Begić, "The role of specific structural motifs in mode of action of antimicrobial peptide TSO8 from Taenia solium", Diplomski rad, Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Split, 2024. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:877803

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:877803
Podaci o radu
NaslovThe role of specific structural motifs in mode of action of antimicrobial peptide TSO8 from Taenia solium
Naslov (hrvatski)Uloga specifičnih strukturnih motiva u načinu djelovanja antimikrobnog peptide TSO8 iz Taenia solium
AutorAnamarija Begić
MentorLarisa Zoranić (mentor)
Član povjerenstvaLarisa Zoranić (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaTomislav Rončević (član povjerenstva)
Član povjerenstvaLucija Krce (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Splitu
Prirodoslovno-matematički fakultet
(Odjel za fiziku)
Split
Datum i država obrane2024-04-11, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		PRIRODNE ZNANOSTI
Fizika
Sažetak
Combating antimicrobial resistance remains a major challenge in the recent decades, driving the search for innovative treatments. Antimicrobial peptides have emerged as a promising alternative, given their important role in defence mechanism of various organisms. This thesis focuses on TSO8 peptide identified in the helminth parasite Taenia solium, which is potent against both Gram-negative and Gram-positive bacterial strains. To assess the atomic details of its mode of action, TSO8 and four of its fragments, along with its linearized form, were investigated through all-atom molecular dynamics simulations in various environments. Results of the simulations reveal the significance of the initial GW amino acid sequence in stabilizing the α-helical structure. In interaction with the bacterial membrane model, two distinct contributions of peptide regions are observed: the N-terminal α-helix is crucial for the initial electrostatic contact, while the function of the unstructured C-terminal is most likely emphasized in other aspects of the peptide’s activity. Additionally, peptides show a high affinity of clustering in water, while exhibiting no significant clustering on the membrane surface. For further investigation the insight of MD simulations will be coupled with the biological and biophysical characterization on TSO8 and its fragments.
Sažetak (hrvatski)
Borba protiv antimikrobne rezistencije jedan je od glavnih izazova posljednjih desetljeća, potičući potragu za inovativnim liječenjima. Antimikrobni peptidi pojavili su se kao obećavajuća alternativa, obzirom na njihovu važnu ulogu u obrambenom mehanizmu raznih organizama. U ovom radu istražuje se peptid TSO8 identificiran u helmintskom parazitu Taenia solium, koji ima značajnu antimikrobnu aktivnost protiv Gram pozitivnih i Gram negativnih bakterijskih sojeva. Detalji mehanizma su istraženi simulacijama molekularne dinamike TSO8 peptida, četiri njegova fragmenta i njegova linearnog oblika, u različitim okruženjima. Rezultati simulacija otkrivaju važnost početnog GW slijeda aminokiselina u stabilizaciji α-helikalne strukture. U interakciji peptida s bakterijskom membranom ističu se dva različita doprinosa: N-terminalna α-uzvojnica ključna je za početni elektrostatski kontakt, dok je funkcija neuređenog C-terminala vjerojatno istaknuta u drugim aspektima aktivnosti peptida. Također, peptidi pokazuju visoku sklonost formiranju klastera u vodi, dok ne pokazuju značajno klasteriranje na površini membrane. U nastavku istraživanja rezultati simulacija će se upotpuniti eksperimentima za biološku i biofizičku karakterizaciju TSO8 peptida i njegovih fragmenata.
Ključne riječi
Ključne riječi (hrvatski)
Jezikengleski
URN:NBNurn:nbn:hr:166:877803
Studijski programNaziv: Fizika; smjerovi: Nastavnički, Astrofizika i fizika elementarnih čestica, Biofizika, Fizika okoliša, Računarska fizika
Smjer: Biofizika
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a magistar/magistra fizike (univ. mag. phys.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2024-05-06 08:04:14