prikaz prve stranice dokumenta Analysis of molecular dynamics simulations of PQQ-GDH in interaction with carbon nanotube
  Preuzmi
PDF 8.28 MB
diplomski rad
Analysis of molecular dynamics simulations of PQQ-GDH in interaction with carbon nanotube
Split: Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2024. urn:nbn:hr:166:044828
Buljac, Lucia
Sveučilište u Splitu
Prirodoslovno-matematički fakultet

Institucijski repozitorij: repozitorij.pmfst.unist.hr

Citirajte ovaj rad

Buljac, L. (2024). Analysis of molecular dynamics simulations of PQQ-GDH in interaction with carbon nanotube (Diplomski rad). Split: Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:044828

Buljac, Lucia. "Analysis of molecular dynamics simulations of PQQ-GDH in interaction with carbon nanotube." Diplomski rad, Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2024. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:044828

Buljac, Lucia. "Analysis of molecular dynamics simulations of PQQ-GDH in interaction with carbon nanotube." Diplomski rad, Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2024. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:044828

Buljac, L. (2024). 'Analysis of molecular dynamics simulations of PQQ-GDH in interaction with carbon nanotube', Diplomski rad, Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet, citirano: 20.12.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:044828

Buljac L. Analysis of molecular dynamics simulations of PQQ-GDH in interaction with carbon nanotube [Diplomski rad]. Split: Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet; 2024 [pristupljeno 20.12.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:044828

L. Buljac, "Analysis of molecular dynamics simulations of PQQ-GDH in interaction with carbon nanotube", Diplomski rad, Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Split, 2024. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:044828

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:044828
Podaci o radu
NaslovAnalysis of molecular dynamics simulations of PQQ-GDH in interaction with carbon nanotube
Naslov (hrvatski)Analiza molekularne dinamike PQQ-GDH proteina u interakciji s ugljikovom nanocjevčicom
AutorLucia Buljac
MentorŽeljka Sanader Maršić (mentor)
MentorAntonija Mravak (pomoć pri izradi, neposredni voditelj)
Član povjerenstvaŽeljka Sanader Maršić (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaAntonija Mravak (član povjerenstva)
Član povjerenstvaMartina Požar (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Splitu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Split
Datum i država obrane2024-10-01, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		PRIRODNE ZNANOSTI
Fizika
Sažetak
Interest for enzymatic biofuel cells grows in the past years, due to their biological components which counteract noble-metal and alloy-based fuel cells. Soluble glucose dehydrogenase, or PQQ-GDH enzyme, showed exciting possibility for application in biosensing and bioenergetics, due to their high catalytic activity which is oxygen independent. Analysis of molecular dynamics simulations of the monomer of protein PQQ-GDH in complex with short and infinitely long carbon nanotube (CNT) has been carried out, using methods and tools of VMD program. To examine the stability and the strength of protein nanotube interactions, distances between certain residues and CNT wall were calculated. To examine protein stability and function preservation, root-mean-square deviation and radius of gyration of monomers with and without nanotube were computed. Finally, considering results from simulation analysis, a theoretical prototype of the enzymatic biosensor comprising PQQ-GDH enzyme in complex with a short CNT was constructed.
Sažetak (hrvatski)
Interes za enzimatske biogorivne ćelije raste proteklih godina, zbog njihovih bioloških komponenti koje se suprotstavljaju gorivnim ćelijama na bazi plemenitih metala i legura. Topljiva glukoza dehidrogenaza, ili enzim PQQ-GDH, pokazao je obećavajuće pokušaje primjene u biosenzorima i bioenergetici, zbog svoje visoke katalitičke aktivnosti neovisne o kisiku. Koristeći metode i alate programa VMD, provedena je analiza simulacija molekularne dinamike monomera proteina PQQ-GDH u kompleksu s kratkom i beskonačno dugom ugljikovom nanocjevčicom (CNT). U svrhu ispitivanja stabilnosti i snage interakcija između monomera i nanocjevčice, izračunate su udaljenosti između određenih aminokiselinskih ostataka i stijenke CNT-a. U svrhu ispitivanja stabilnosti i očuvanja funkcije proteina, izračunate su standardne devijacije i radijusi giracije monomera sa i bez nanocjevčice. Na kraju, uzimajući u obzir rezultate analize simulacija, konstruiran je teorijski prototip enzimatskog biosenzora koji sadrži PQQ-GDH enzim u kompleksu s kratkom CNT.
Ključne riječi
Ključne riječi (hrvatski)
Jezikengleski
URN:NBNurn:nbn:hr:166:044828
Studijski programNaziv: Fizika; smjerovi: Nastavnički, Astrofizika i fizika elementarnih čestica, Biofizika, Fizika okoliša, Računarska fizika
Smjer: Biofizika
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a magistar/magistra fizike (univ. mag. phys.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2024-10-28 12:42:28