prikaz prve stranice dokumenta Identification, redesign and characterization of anuran antimicrobial peptides
  Preuzmi
PDF 6.23 MB
disertacija
Identification, redesign and characterization of anuran antimicrobial peptides
from targeted DNA sequencing and database analyses to peptide antibiotics
Split: Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2019. urn:nbn:hr:166:288621
Rončević, Tomislav
Sveučilište u Splitu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Odjel za fiziku

Institucijski repozitorij: repozitorij.pmfst.unist.hr

Citirajte ovaj rad

Rončević, T. (2019). Identification, redesign and characterization of anuran antimicrobial peptides : from targeted DNA sequencing and database analyses to peptide antibiotics (Disertacija). Split: Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:288621

Rončević, Tomislav. "Identification, redesign and characterization of anuran antimicrobial peptides : from targeted DNA sequencing and database analyses to peptide antibiotics." Disertacija, Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2019. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:288621

Rončević, Tomislav. "Identification, redesign and characterization of anuran antimicrobial peptides : from targeted DNA sequencing and database analyses to peptide antibiotics." Disertacija, Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2019. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:288621

Rončević, T. (2019). 'Identification, redesign and characterization of anuran antimicrobial peptides : from targeted DNA sequencing and database analyses to peptide antibiotics', Disertacija, Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet, citirano: 15.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:288621

Rončević T. Identification, redesign and characterization of anuran antimicrobial peptides : from targeted DNA sequencing and database analyses to peptide antibiotics [Disertacija]. Split: Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet; 2019 [pristupljeno 15.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:288621

T. Rončević, "Identification, redesign and characterization of anuran antimicrobial peptides : from targeted DNA sequencing and database analyses to peptide antibiotics", Disertacija, Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Split, 2019. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:288621

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:288621
Podaci o radu
NaslovIdentification, redesign and characterization of anuran antimicrobial peptides : from targeted DNA sequencing and database analyses to peptide antibiotics
Naslov (hrvatski)Identifikacija, redizajn i karakterizacija antimikrobnih peptida iz žaba (Anura) : od ciljanog sekvenciranja DNK i analiza baza podataka prema peptidnim antibioticima
AutorTomislav Rončević
MentorJasna Puizina (mentor)
MentorAlessandro Tossi https://orcid.org/0000-0001-9087-5764 (mentor)
Član povjerenstvaAna Maravić (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaKarl Lohner https://orcid.org/0000-0002-7867-5409 (član povjerenstva)
Član povjerenstvaMaria Luisa Mangoni https://orcid.org/0000-0002-5991-5868 (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Splitu
Prirodoslovno-matematički fakultet
(Odjel za fiziku)
Split
Datum i država obrane2019-04-25, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		PRIRODNE ZNANOSTI
Biologija
Univerzalna decimalna klasifikacija
(UDC)		577 - Biokemija. Molekularna biologija. Biofizika
Sažetak
Antimicrobial peptides (AMPs) are structurally diverse molecules naturally produced by most organisms, with direct antimicrobial activity against pathogens and often showing other immune-related properties. Anurans are a particularly rich source of these peptides, with ~2000 different sequences reported in Database of Anuran Defense Peptides (DADP). A novel approach for simultaneous multispecies peptide identification has been developed by exploiting the highly conserved signal peptide region to design family specific forward degenerate primers, using RNAseq data available in the Sequence Read Archive (SRA) database, and using them to selectively amplify AMP-coding transcripts from small amounts of frog skin tissue. Additionally, novel peptides have been redesigned with the help of molecular descriptors using the Mutator software that links biophysical properties of the peptides with their biological activity. This software has been trained on helical AMPs of anuran origin and may provide best results if natural peptides of anuran origin are used as input. In both cases, a number of the identified/designed peptides have been tested for antibacterial activity, toxicity and mode of action. Some of these proved to be potent antimicrobials with limited toxicity towards host cells.
Sažetak (hrvatski)
Antimikrobni peptidi (AMP) su strukturalno različite molekule prirodno sintetizirane u većini organizmima, s direktnom antimikrobnom aktivnosti, dok često pokazuju i druga imunološki povezana svojstva. Vodozemci iz reda Anura su naročito bogat izvor takvih peptida s ~2000 različite sekvence pohranjene u 'Database of Anuran Defense Peptides' (DADP). Razvijen je novi pristup za istovremenu identifikaciju peptida iz više različitih vrsta oslanjajući se na izrazito očuvane signalne sekvence za dizajn specifičnih početnica i podatke RNAseq dostupne u 'Sequence Read Archive' (SRA), te ih koristeći kako bi se selektivno umnožili transkripti koji kodiraju AMP iz malih količina tkiva kože žaba. Također, novi peptidi su redizajnirani uz pomoć molekularnih deskriptora koristeći računalni program Mutator koji povezuje biofizikalna svojstva peptida s njihovom biološkom aktivnošću. Taj alat razvijen je koristeći set helikalnih AMP-a žabljeg podrijetla, te bi trebao dati najbolje rezultate ako se unose upravo takvi prirodni peptidi. U oba slučaja, određeni broj identificiranih/dizajniranih peptida je testiran naspram antibakterijske aktivnosti, toksičnosti i mehanizma djelovanja. Neki od tih peptida su se pokazali kao dobri antimikrobni kandidati s neznatnom toksičnošću naspram stanica domaćina.
Ključne riječi
Ključne riječi (hrvatski)
Jezikengleski
URN:NBNurn:nbn:hr:166:288621
Studijski programNaziv: Biofizika
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: poslijediplomski doktorski
Akademski / stručni naziv: doktor/doktorica znanosti, područje prirodnih znanosti, polje biologija (dr. sc.)
Vrsta resursaTekst
Opseg86 str. ; 30 cm
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Datum isteka embarga: 2021-05-08
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2019-06-03 11:30:15