prikaz prve stranice dokumenta Parametrizacija malih molekula u CHARMM polju sile
Pristup svim korisnicima iz sustava znanosti i visokog obrazovanja RH
diplomski rad
Parametrizacija malih molekula u CHARMM polju sile
Split: Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2019. urn:nbn:hr:166:392677
Goić, Renzo
Sveučilište u Splitu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Odjel za fiziku

Institucijski repozitorij: repozitorij.pmfst.unist.hr

Citirajte ovaj rad

Goić, R. (2019). Parametrizacija malih molekula u CHARMM polju sile (Diplomski rad). Split: Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:392677

Goić, Renzo. "Parametrizacija malih molekula u CHARMM polju sile." Diplomski rad, Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2019. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:392677

Goić, Renzo. "Parametrizacija malih molekula u CHARMM polju sile." Diplomski rad, Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2019. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:392677

Goić, R. (2019). 'Parametrizacija malih molekula u CHARMM polju sile', Diplomski rad, Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet, citirano: 20.12.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:392677

Goić R. Parametrizacija malih molekula u CHARMM polju sile [Diplomski rad]. Split: Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet; 2019 [pristupljeno 20.12.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:392677

R. Goić, "Parametrizacija malih molekula u CHARMM polju sile", Diplomski rad, Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Split, 2019. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:392677

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:392677
Podaci o radu
NaslovParametrizacija malih molekula u CHARMM polju sile
Naslov (engleski)Parametrization of small molecules in the CHARMM force field
AutorRenzo Goić
MentorŽeljka Sanader Maršić (mentor)
Član povjerenstvaŽeljka Sanader Maršić (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaLarisa Zoranić (član povjerenstva)
Član povjerenstvaŽarko Kovač (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Splitu
Prirodoslovno-matematički fakultet
(Odjel za fiziku)
Split
Datum i država obrane2019-10-31, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		PRIRODNE ZNANOSTI
Fizika
Sažetak
Simulacije molekularne dinamike su jedna od najznačajnih biofizikalnih metoda za istraživanje bioloških sustava na atomskoj razini. Uz zadane početne strukture molekula, za opis sustava, važno je definirati parametre polja sile. Polje sila CHARMM General Force Field (CgenFF) sadrži parametre za opis međudjelovanja malih molekula. Razvoj CHARMM General Force Fielda pridonio je razvitku parametrizacijskog alata Force Field Toolkit (ffTK) koji je dio programskog paketa za vizualizaciju podataka iz simulacija molekularne dinamike Visual Molecular Dynamics (VMD). Force Field Toolkit, s njegovim grafičkim korisničkim sučeljem koje prati jasno određen parametrizacijski tijek rada, olakšava i ubrzava ab initio razvoj parametara. U ovom radu izložena je teoretska osnova Force Field Toolkit parametrizacijskog alata i pokazana je njegova primjena na dvije male molekule 1-propanol i metoksibenzen (anisol).
Sažetak (engleski)
Molecular dynamics simulations are one of the most important biophysical methods for studying biological systems on the atomic level. For description of system, with initial molecular structures, it is important to define force field parameters. CHARMM General Force Field (CGenFF) contains parameters for description of small molecules interactions. Development of CHARMM General Force Field contributed to development of Force Field Toolkit (ffTK) parametrization tool as an add-on for Visual Molecular Dynamics (VMD) program for data visualization from molecular dynamics simulations. Force Field Toolkit, with it's graphical user interface that follows well defined parameterization workflow, simplifies ab initio parameter development. Herein, theoretical basics of Force Field Toolkit parameterization tool are described and it's application on two small molecules, 1-propanol and methoxybenzene (anisole), is shown.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:166:392677
Studijski programNaziv: Fizika; smjerovi: Nastavnički, Astrofizika, Biofizika, Fizika okoliša, Računarska fizika
Smjer: Biofizika
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra fizike (mag. phys.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaPristup svim korisnicima iz sustava znanosti i visokog obrazovanja RH
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2019-11-06 09:23:04