Nezavisne regulatorne agencije provode nadzor i reguliraju različita tržišta. Nužno je osigurati im samostalnost i neovisnost u radu, no njihov rad ne može biti bez svake odgovornosti. Rad regulatornih agencija neupitno mora biti podvrgnut kontroli. Dva su temeljna oblika kontrole rada regulatornih agencija, kontrola putem godišnjih izvješća Saboru i upravnosudska kontrola protiv pojedinačnih akata regulatornih agencija. Analizira se učinkovitost obje vrste kontrola i zaključuje da kontrola putem godišnjih izvješća Saboru nije u potpunosti učinkovita budući da nema propisane sankcije za neusvajanje godišnjih izvješća, dok upravnosudska kontrola nad pojedinačnim aktima regulatornih agencija pruža sudsku zaštitu protiv pojedinačnih akata regulatora, no nije uređena na jedinstveni način protiv pojedinačnih akata svih regulatornih agencija. Kao rješenje se ističe donošenje jedinstvenog zakonodavnog okvira za sve nezavisne regulatorne agencije, odnosno agencije općenito, unutar kojeg bi se uredila kontrola nad radom svih regulatornih agencija što bi pridonijelo pravnoj sigurnosti iz područja koja su regulirana i nadzirana od nezavisnih regulatornih agencija.