Prognoza intraoralnog karcinoma ovisi o stadiju bolesti, tj. o opsegu primarnog tumora i statusa vrata. Najvažniji prognostički faktor je stanje limfnih čvorova vrata. Na lošiju prognozu ukazuje veliki broj zahvaćenih limfnih čvorova, zahvaćenost više skupina limfnih čvorova, metastaze u kojih se histološki dokaže proboj kapsule limfnog čvora, te metastaze nisko na vratu. Bolesnici s prisutnim regionalnim metastazama na vratu imaju dvostruko manje šanse za izlječenje od bolesnika bez metastaza. Fiksirani čvorovi pokazatelji su izuzetno loše prognoze, često recidiva u operiranom vratu, a niske metastaze (regija IV i V) ukazuju na mogućnost hematogene diseminacije s obzirom da u tom području velike limfne žile, bez zaustavljanja u limfnim čvorovima, tumorske stanice unose u cirkulaciju. Općenito se drži kako slabo diferencirani tumori imaju lošiju prognozu od dobro diferenciranih, no prema novijim shvaćanjima veće značenje u prognozi ima debljina tumora. Deblji tumori češće recidiviraju i metastaziraju. Preživljenje bolesnika s početnim tumorima više je od 70%. Međutim, pacijenti se u večini slučajeva liječniku javljaju u kasnijem stadiju bolesti. Pri prvom pregledu metastaze se mogu naći kod oko 40% bolesnika. Među bolesnicima s karcinomom usne šupljine, koji su na početku liječenja bez regionalnih metastaza, oko 60% može očekivati izlječenje. Ako na početku liječenja postoje unilateralne metastaze, izlječenje je moguće kod svega 30%, a pri bilateralno povećanim čvorovima svega 1% bolesnika ima šansu za izlječenje. Učestalost drugog primarnog tumora nakon intraoralnog planocelularnog karcinoma jest od 10 do 27% . U pogledu praćenja bolesnika radi otkrivanja metastaza i recidiva za većinu bolesnika dovoljan je dvogodišnji period. U tom se razdoblju javljaju gotovo svi recidivi i metastaze.