Mikotoksini, sekundarni metaboliti nekih vrsta plijesni, neizbježni su kontaminanti hrane i hrane za životinje. Obzirom na njihovu visoku pojavnost te toksikološka djelovanja neophodne su stalne kontrole pouzdanim analitičkim metodama i tehnikama, među kojima je najznačajnija tekućinska kromatografija-tandemska spektrometrija masa. U metodama koje se koriste za ispitivanje pojavnosti mikotoksina priprema uzoraka često zahtijeva korištenje mikrofiltracije, iako moguće interakcije između materijala korištenih membrana filtera i analita uglavnom nisu dovoljno ispitane, a mogu dovesti do gubitaka te pogrešaka u prikupljenim podacima o razini kontaminacije. U ovom radu ispitan je utjecaj pet različitih materijala filtera (najlon, politetrafluoretilen, polietersulfon, miješani celulozni ester te celulozni acetat) na 11 zakonski reguliranih mikotoksina (aflatoksini B1, B2, G1 i G2, deoksnivalenol, fumonizini B1 i B2, zearalenon, T-2 i HT-2 toksini te ohratoksin A). Politetrafluoretilen se pokazao kao materijal koji najmanje utječe na gubitak svih analiziranih mikotoksina tijekom mikrofiltracije, dok ostali materijali mogu značajno doprinijeti smanjenju iskorištenja, posebice ukoliko se pravilno ne koriste.