Sigurnost mobilnih bankovnih aplikacija ovisi o mnogim faktorima. Ovisi o ekosustavu u kojem se mobilni uređaj nalazi, u kojem se odvija komunikacija i okružju u kojem se nalazi sama mobilna aplikacija. Potrebno je nastojati da mobilni bankovni sustavi budu korak ispred napadača te da se stoga posebna pažnja posveti sigurnosti korisnika i njihovih osjetljivih podataka. Postoje mnogi odgovori na mnoge sigurnosne propuste svakog aspekta mobilne bankovne aplikacije, bitno je ne dopustiti da se takvi propusti ponove te zbog toga istražiti koje su sve potrebne mjere kako bi se osigurao integritet aplikacije. Korisnike je isto tako potrebno educirati kako koristiti mobilni uređaj na kojem se nalazi aplikacija sa njihovim osjetljivim podacima i kako koristiti aplikaciju, a da se ne dovodi sustav i podatke u poziciju da ih netko može zlonamjerno iskoristiti. Kod razvoja mobilne bankovne aplikacije potreban je mnogo veći napor i oprez da se aplikaciju postavi na pravi put od samoga početka obzirom da svaki propust puno znači te će ga zlonamjerni napadači vrlo rado iskoristiti