Pastereloza i encefalitozoonoza kunića predstavljaju najčešće bolesti koje se mogu manifestirati neurološkim simptomima, a njihova diferencijalna dijagnostika predstavljaja veliki izazov u svakodnevnom radu kliničara. Encephalitozoon cuniculi je obligatni unutarstanični protozoarni parazit, uzročnik je encefalitozoonoze. Klinička slika bolesti je vrlo raznolika i uključuje simptome od strane tri različita organska sustava: neurološkog, oftalmološkog i mokraćnog. P. multocida je vrlo često izolirana bakterija u kunića, a iznimno uzrokuje primarnu bolest. Uzrokuje infekcije brojnih organskih sustava, prvenstveno respiratornog sustava. Najčešća lokalizacija bakterije je u sinusima, eustahijevoj tubi, srednjem uhu, nazolakrimalnim kanalima, treheji i plućima. Istraživanje je obuhvatilo 35 kunića liječenih na Klinici za unutarnje bolesti Veterinarskog fakulteta u Zagrebu u razdoblju od 1. siječnja 2012. do 1. siječnja 2016. kojima je tijekom dijagnostičke obrade izdvojena P. multocida ili postavljena radna dijagnoza encefalitozoonoze. Na temelju rezultata ovog istraživanja došli smo do zaključka da ženke češće oboljevaju od pastereloze, a mužjaci od encefalitozoonoze. Obje bolesti najčešće se javljaju u kunića srednje dobi, starih između 1-5 godina života. Najučestaliji simptom kod obje bolesti bio je „head tilt“ dok je nistagmus zabilježen samo kod encefalitozoonoze. Kunići s pasterelozom imali su ispoljene respiratorne i oftalmološke simptome puno češće nego kunići s encefalitozoonozom.