Među bolestima štitnjače koje se javljaju u pasa i mačaka nesumnjivu važnost imaju hipotireoidizam i hipertireoidizam. Kada govorimo o hipotireozi, govorimo o najčešćem endokrinološkom poremećaju u pasa u kojem dolazi do prekomjernog stvaranja hormona štitnjače. Sama terapija pasa usmjerena je dakle na medikamentozno liječenje tj. na nadoknadu hormona štitnjače. Iako je T3 metabolički aktivni oblik hormona štitnjače, nije izbor terapije. Primarna prednost pružanja prohormona T4 je taj da tijelo ima priliku regulirati količinu T3 generirana normalnim fiziološkim mehanizmima. Odgovarajuća T4 terapija rezultira u normalnim koncentracijama T4 i T3. Najprimjenjiviji oblik terapije je oralna terapija sintetskog l-tiroksina u početnoj dozi od 10 μ/kg dva puta dnevno. Kontrolni pregled bi se trebao obaviti za dva mjeseca. Hipotireoidizam je jedna od najzahvalnijih bolesti za liječenje zbog lakoće lijećenja i njenog pozitivnog odgovora na lijećenje. Sa odgovarajućom terapijom i redovitim kontrolnim pregledima svakih pola godine, obično sve promjene povezane sa hipotireoidizmom postanu reverzibilne. Dugoročna prognoza za ovu bolest je odlična. Postoje tri opcije za eliminiranje pretjerane produkcije tiroksina u hipertireotičnih mačaka, a to su kirurška tireodektomija, terapija radioaktivnim jodom te inhibicija sekrecije hormona lijekovima. Za mačke sa hipertireozom koje nisu razvile teške komplikacije poput srčanih i bubrežnih bolesti prognoza za očuvanja zdravlja je odlična nakon uspješne kirurške intervencije. Nakon terapije radioaktivnim jodom prognoza je jednako dobra ili čak i bolja. U većini hipertireotičnih mačaka metamizol ili karbamizol dovode do poboljšanja.