Mikroorganizmi i produkti koje stvaraju mogu biti prisutni i rasti u hrani životinjskog i neživotinjskog podrijetla kao i u hrani za životinje. Mikroorganizmi u hrani mogu uzrokovati ozbiljne rizike za zdravlje ljudi i životinja. Pojam patogenog organizma označava onaj organizam koji može izazvati bolesti u domaćina, tj. čovjeka ili životinje. Svjetska zdravstvena organizacija (SZO) uvrstila je štetne bakterije, viruse, toksine, parazite i kemikalije u potencijalne opasnosti koje bi mogle biti prisutne u hrani i izazvati bolesti kod ljudi i životinja. Bolesti koje se prenose hranom predstavljaju značajan problem za čovječanstvo na globalnoj razini. U jednoj godini prema SZO 1 od 10 osoba oboli te 420 000 ljudi umre od konzumacije kontaminirane hrane. Bolesti koje se prenose hranom posebno su smrtonosne za djecu mlađu od pet godina života, a ona čine gotovo trećinu svih umrlih osoba na godišnjoj razini. Bolesti koje se prenose hranom su uzrokovane patogenim bakterijama od kojih najčešće uzorkuju bolesti: salmoneloze, kampilobakterioze, listerioze i iersinioze. Svi potencijalni rizici u hrani ili hrani za životinje prijavljuju se na RASFF sustav (Rapid Alert System for Food and Feed). RASFF sustav je sustav brzog uzbunjivanja za hranu i hranu za životinje i osigurava nadležnim tijelima učinkovit nadzor hrane i hrane za životinje te služi kao sredstvo za razmjenu informacija o poduzetim mjerama. Glavni cilj RASFF sustava je u što kraćem vremenskom periodu reagirati na rizike otkrivene u hrani ili hrani za životinje. Ovakav način razmjene informacija pomaže državama članicama da brže i na koordinirani način odgovore na potencijalni rizik za zdravlje ljudi uzrokovan hranom ili hranom za životinje. Bolesti koje se prenose hranom najčešće pripadaju u skupinu dijarealnih bolesti. Retrospektivnom obradom epidemioloških prijava zaraznih bolesti u razdoblju od 2011. do 2015. godine na području karlovačke županije najčešći uzročnici zaraznih bolesti koji se prenose hranom su bili: Salmonella spp. sa 412 oboljelih osoba i Campylobacter spp. sa 238 oboljelih osoba. Slučajevi bolesti zabilježeni su u obiteljskim epidemijama, kao sporadični slučajevi te su bile dvije epidemije trovanja hranom povezane sa konzumacijom hrane u javnim objektima sa 30 oboljelih osoba. Prevencija je ključni faktor u sprječavanju širenja bolesti koje se prenose hranom.