Crijevna mikrobiota sastoji se od milijardi mikroba koji žive u strukturiranom ekosustavu kojim dominiraju obligatno i fakultativno anaerobne bakterije. U ljudi crijevna mikrobiota sudjeluje u različitim ulogama koje reguliraju fiziološku, metaboličku, nutritivnu i imunološku funkciju. Disbioza, promjena ili neravnoteža ovih bakterija, povezana je s ekstraintestinalnim i gastrointestinalnim bolestima. Transplantacija fekalne mikrobiote (FMT) je prijenos fecesa od zdravog darivatelja u debelo crijevo bolesnika čija je bolest uzrokovana promijenjenom mikrobiotom kako bi se obnovila normalna mikrobiota i tako izliječila bolest. Za FMT se koriste različiti putevi primjene pripravka koji uključuju gornje gastrointestinalne puteve tj. nazogastričnu/nazojejunalnu sondu, endoskopiju, oralne kapsule i donje gastrointestinalne puteve kao što su retencijska klizma, sigmoidoskopija ili najčešće kolonoskopija. S oko 95% uspješnosti, najučinkovitija i najbolje proučena indikacija za FMT je Clostridioides difficile infekcija. Prema preliminarnim studijama, FMT može imati i terapeutski potencijal za druge bolesti kao što su metabolički sindrom, upalna bolest crijeva, pretilost i funkcionalni gastrointestinalni poremećaji. Međutim, još uvijek nema dovoljno znanstvenih i kliničkih podataka koji bi podržali korištenje FMT-a za druge bolesti.