Ciljevi: Ocijenjena je metodološka kvaliteta i transparentnost svih nacionalnih kliničkih smjernica objavljenih u Hrvatskoj do 2017. godine i istraženi čimbenici povezani s njihovom kvalitetom. Metode: Smjernice su ocijenjene koristeći validirane instrumente AGREE II i iCAHE s četiri ocjenjivača. Korištena je višestruka linearna regresija u cilju identificiranja prediktora kvalitete te dvije fokusne skupine kako bi se dodatno istražila izrada i primjena smjernica. Rezultati: Većinu smjernica razvila su medicinska društva. Medijan rezultata AGREE II upitnika je bio nizak, 36% (IQR 28-42), a takve su bile i ukupne ocjene. Najbolje ocijenjeni aspekti smjernica bili su "Jasnoća prezentacije zaključaka" i "Djelokrug smjernica i njezin cilj" (medijan ≥59%). Međutim, preostale četiri domene dobile su vrlo niske ocjene (medijan, 15– 33%), a kvaliteta smjernica nije se poboljšala tijekom vremena. Smjernice koje su razvila medicinska društva imale su znatno lošije ocjene od onih koje su izradile vladine ili neslužbene radne skupine (12-43% po domeni). Raspravama u fokusnim skupinama, kao čimbenici povezani s niskim ocjenama identificirani su: neadekvatna metodologija, nedostatak implementacijskih sustava, nedostatak svijesti o potrebi za različitim profesijama i perspektivama u radnim skupinama te o uređivačkoj neovisnosti. Zaključak: Čimbenici za koje je utvrđeno da utječu na kvalitetu nacionalnih smjernica mogu pomoći dionicima odgovornim za izradu smjernica i stručnjacima koji vode edukaciju usmjerenu na poboljšanje kvalitete smjernica, i to ne samo u Hrvatskoj već i globalno.