prikaz prve stranice dokumenta Utvrđivanje delecije H69/V70 u SARS-CoV-2 virusu upotrebom TaqPath reagensa
  Preuzmi
PDF 1.26 MB
diplomski rad
Utvrđivanje delecije H69/V70 u SARS-CoV-2 virusu upotrebom TaqPath reagensa
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Farmaceutsko-biokemijski fakultet, 2022. urn:nbn:hr:163:774936
Novosel, Lucija
Sveučilište u Zagrebu
Farmaceutsko-biokemijski fakultet
Zavod za medicinsku biokemiju i hematologiju

Institucijski repozitorij: Repozitorij Farmaceutsko-biokemijskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu

Citirajte ovaj rad

Novosel, L. (2022). Utvrđivanje delecije H69/V70 u SARS-CoV-2 virusu upotrebom TaqPath reagensa (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Farmaceutsko-biokemijski fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:163:774936

Novosel, Lucija. "Utvrđivanje delecije H69/V70 u SARS-CoV-2 virusu upotrebom TaqPath reagensa." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Farmaceutsko-biokemijski fakultet, 2022. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:163:774936

Novosel, Lucija. "Utvrđivanje delecije H69/V70 u SARS-CoV-2 virusu upotrebom TaqPath reagensa." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Farmaceutsko-biokemijski fakultet, 2022. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:163:774936

Novosel, L. (2022). 'Utvrđivanje delecije H69/V70 u SARS-CoV-2 virusu upotrebom TaqPath reagensa', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Farmaceutsko-biokemijski fakultet, citirano: 22.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:163:774936

Novosel L. Utvrđivanje delecije H69/V70 u SARS-CoV-2 virusu upotrebom TaqPath reagensa [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Farmaceutsko-biokemijski fakultet; 2022 [pristupljeno 22.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:163:774936

L. Novosel, "Utvrđivanje delecije H69/V70 u SARS-CoV-2 virusu upotrebom TaqPath reagensa", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Farmaceutsko-biokemijski fakultet, Zagreb, 2022. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:163:774936

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:163:774936
Podaci o radu
NaslovUtvrđivanje delecije H69/V70 u SARS-CoV-2 virusu upotrebom TaqPath reagensa
Naslov (engleski)Determination of H69/V70 deletion in SARS-CoV-2 virus using TaqPath reagents
AutorLucija Novosel
MentorMarija Grdić Rajković (mentor)
MentorIvana Ćelap (mentor)
Član povjerenstvaMarija Grdić Rajković (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaIvana Ćelap (član povjerenstva)
Član povjerenstvaDubravka Vitali Čepo (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Farmaceutsko-biokemijski fakultet
(Zavod za medicinsku biokemiju i hematologiju)
Zagreb
Datum i država obrane2022-11-29, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		BIOMEDICINA I ZDRAVSTVO
Farmacija
Farmacija
Sažetak
Virus SARS-CoV-2 velikom se brzinom proširio cijelim svijetom 2020. godine te uzrokovao globalnu pandemiju. Podložan je brojnim mutacijama koje na različite načine utječu na njegova svojstva kao i na rezultate molekularne analize RT-PCR kojom se potvrđuje infekcija ovim virusom. Cilj ovog diplomskog rada bio je usporediti rezultate RT-PCR testiranja uzoraka nazofaringealnih briseva na prisutnost virusa SARS-CoV-2 korištenjem komercijalnog test paketa koji detektira prisutnost više virusnih gena (ORF1ab, N i S protein) s rezultatima sekvenciranja različitih uzoraka kod kojih je RT-PCR metodom dokazana i kod kojih nije dokazana prisutnost S gena. Za provođenje testiranja korišten je TaqPathTM COVID-19 CE-IVD RT-PCR Kit, a sekvenciranje je provedeno NGS metodom u laboratoriju Eurofins Genomics Europe. Rezultati su potvrdili postojanje delecije H69/V70 kod svih uzoraka kod kojih RT-PCR metodom nije detektiran S gen. Utvrđeno je da postojanje delecije H69/V70 na S genu onemogućuje njegovu detekciju. S obzirom na to da se određuje prisutnost druga dva gena, lažno negativni rezultati za S gen ne znače odsustvo virusa nego ukazuju na potencijalno prisustvo ove mutacije u soju virusa koji kruži u populaciji.
Sažetak (engleski)
The SARS-CoV-2 virus spread rapidly throughout the world and caused a global pandemic in 2020. The virus is susceptible to numerous mutations that affect to its properties in different ways. Mutations also affect to the results of the RT-PCR molecular analysis which is used to confirm virus infection. The aim of this study was to compare RT-PCR results of nasopharyngeal swab samples which were analyzed to detect the presence of the SARS-CoV-2 virus using a commercial test package that detects the presence of several viral genes (ORF1ab, N and S protein) with different sequencing results of samples where the presence of S protein was confirmed and samples where the presence of S protein was not confirmed using RT-PCR. The TaqPathTM COVID-19 CE-IVD RT-PCR Kit was used for testing and the sequencing was performed using the NGS method in the Eurofins Genomics Europe laboratory. The results confirmed deletion H69/V70 in every sample where the S gene was not detected using RT-PCR It was found that H69/V70 S gene deletion prevents S gene to be detected while PCR testing. False-negative results for S gene presence should not indicate the absence of the virus because there are two other gens which presence is detected. But negative S gene results can indicate the potential presence of this virus mutation and its spreading through population.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:163:774936
Studijski programNaziv: Farmacija
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: integrirani preddiplomski i diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra farmacije (mag. pharm.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2022-11-29 11:29:49