prikaz prve stranice dokumenta Identification and characterization of BPM2 splice variants in Arabidopsis thaliana
  Preuzmi
PDF 4.89 MB
diplomski rad
Identification and characterization of BPM2 splice variants in Arabidopsis thaliana
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2024. urn:nbn:hr:217:156156
Keresteš, Gaj
Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Biološki odsjek

Institucijski repozitorij: Repozitorij Prirodoslovno-matematičkog fakulteta

Citirajte ovaj rad

Keresteš, G. (2024). Identification and characterization of BPM2 splice variants in Arabidopsis thaliana (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:156156

Keresteš, Gaj. "Identification and characterization of BPM2 splice variants in Arabidopsis thaliana." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2024. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:156156

Keresteš, Gaj. "Identification and characterization of BPM2 splice variants in Arabidopsis thaliana." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2024. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:156156

Keresteš, G. (2024). 'Identification and characterization of BPM2 splice variants in Arabidopsis thaliana', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, citirano: 22.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:156156

Keresteš G. Identification and characterization of BPM2 splice variants in Arabidopsis thaliana [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet; 2024 [pristupljeno 22.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:156156

G. Keresteš, "Identification and characterization of BPM2 splice variants in Arabidopsis thaliana", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb, 2024. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:156156

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:156156
Podaci o radu
NaslovIdentification and characterization of BPM2 splice variants in Arabidopsis thaliana
Naslov (hrvatski)Identifikacija i karakterizacija varijanti alternativnog prekrajanja uročnjakova gena BPM2
AutorGaj Keresteš
MentorDunja Leljak-Levanić (mentor)
MentorPaula Štancl (komentor)
Član povjerenstvaDunja Leljak-Levanić (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaRosa Karlić (član povjerenstva)
Član povjerenstvaNataša Bauer (član povjerenstva)
Član povjerenstvaMirjana Pavlica (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
(Biološki odsjek)
Zagreb
Datum i država obrane2024-07-17, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		PRIRODNE ZNANOSTI
Biologija
Sažetak
IMATH-BTB proteins mediate turnover of specific proteins by acting as substrate adaptors of E3 ubiquitin ligases. The MATH-BTB gene family has undergone a significant expansion in grasses, with genomes of different grass species having dozens of MATH-BTB genes, some of which have roles in fundamental developmental processes. In contrast, the genome of Arabidopsis thaliana only contains six MATH-BTB genes: BPM1-6. In this thesis, alternative splicing was explored as a potential mechanism for A. thaliana to achieve the number and diversity of MATH-BTB proteins similar to grasses. A bioinformatic analysis of the newest A. thaliana transcriptome, AtRTD3, revealed 56 transcript isoforms encoded by BPM genes, 16 of which are encoded by BPM2. While proteins encoded by the 16 BPM2 transcripts differed in domain composition, they lacked the diversity in MATH domains that's present in grass-specific MATH-BTB proteins. Expressions of splice variants BPM2.3, BPM2.8, BPM2.9 and BPM2.15 were analyzed in some vegetative, reproductive and embryonic tissues with standard and quantitative PCR. Splice variants BPM2.3 and BPM2.15 had significant differences in expression levels across different tissues, indicating a possible role in developmental transitions. Theoretically unexpected amplicons represent potentially novel splice variants.
Sažetak (hrvatski)
Proteini MATH-BTB sudjeluju u prometu specifičnih proteina djelujući kao adapteri supstrata E3 ubikvitinskih ligaza. Porodica gena MATH-BTB je prošla značajnu ekspanziju u travama, pri čemu genomi različitih vrsta trava imaju desetke gena MATH-BTB, od kojih neki imaju uloge u temeljnim razvojnim procesima. Nasuprot tome, genom uročnjaka Arabidopsis thaliana ima samo šest MATH-BTB gena: BPM1-6. U ovom radu, alternativno prekrajanje transkripata je istraženo kao potencijalni mehanizam kojim A. thaliana postiže broj i raznolikost proteina MATH-BTB sličan travama. Bioinformatička analiza najnovijeg transkriptoma A. thaliana, AtRTD3, otkrila je 56 izoformi transkripta kodiranih genima BPM, od kojih je 16 kodirano genom BPM2. Iako su se proteini kodirani sa 16 transkripata gena BPM2 razlikovali u sadržaju domena, nedostajala im je raznolikost u MATH domenama koja je prisutna u MATH-BTB proteinima specifičnima za trave. Ekspresije varijanata prekrajanja BPM2.3, BPM2.8, BPM2.9 i BPM2.15 analizirane su u nekim vegetativnim, reproduktivnim i embrionalnim tkivima standardnim i kvantitativnim reakcijama PCR-a. Varijante BPM2.3 i BPM2.15 imale su značajne razlike u razinama ekspresije u različitim tkivima, što ukazuje na moguću ulogu u razvojnim prijelazima. Standardni PCR je proizveo teoretski neočekivane amplikone koji predstavljaju potencijalno nove varijante prekrajanja
Ključne riječi
Ključne riječi (hrvatski)
Jezikengleski
URN:NBNurn:nbn:hr:217:156156
ProjektŠifra: IP-2022-10-7874
Naziv: Alternativno prekrajanje gena BPM2 kao mehanizam uspostave funkcionalne raznolikosti porodice proteina MATH-BTB u uročnjaku Arabidopsis thaliana
Naziv: Alternative splicing of BPM2 as a mechanism for establishing a functional diversity of MATH-BTB protein family in Arabidopsis thaliana
Kratica: SpliceFun
Voditelj: Nataša Bauer
Pravna nadležnost: Hrvatska
Financijer: Hrvatska zaklada za znanost
Linija financiranja: Research Projects
Studijski programNaziv: Molekularna biologija
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a magistar/magistra molekularne biologije (univ. mag. biol. mol.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2024-08-26 12:51:31